وی رئیس موسسه لغتنامه دهخدا و مرکز بینالمللی آموزش زبان فارسی، استاد تمام دانشکده ادبیات و علوم انسانی دانشگاه تهران و از پژوهشگران برجسته زبان و ادبیات فارسی، فقه و تاریخ اسلام بود. شهیدی از شاگردان برجسته علیاکبر دهخدا در دانشگاه تهران بوده و سال 1340 دکترایش را در رشته ادبیات فارسی و تاریخ دریافت کرد. او علاوه بر تحصیلات دانشگاهی، در حوزه علمیه قم و حوزه علمیه نجف زیر نظر آیات عظام سیدحسین طباطبایی بروجردی و سیدابوالقاسم خویی تحصیل کرد و به درجه اجتهاد نایل آمد.
شهیدی اولین کتابش را در نجف در رد احمد کسروی نوشت. دیگر کتابش که در سه جلد با نام «جنایات تاریخ» تالیف کرده بود، توسط ساواک توقیف شد.
در سال 1369 برای ترجمه نهجالبلاغه، مجموعه سخنان مولا علی(ع) و در سال 1385 هجری خورشیدی برای نگارش کتاب «تاریخ تحلیلی اسلام» برنده جایزه کتاب سال شد.
دکتر شهیدی به دلیل علاقه وافری که به مطالعه و تحصیل علم داشت، در سال 1374 منزل مسکونیاش را به شهرداری واگذار کرد و این خانه در همان سال به کتابخانه عمومی دکتر شهیدی تبدیل شد. پس از وفات وی اتاقی در این کتابخانه به موزه نگهداری برخی آثار او اختصاص داده شد.
او همچنین از دانشگاه پکن دکترای افتخاری دریافت کرد و در سال 1374 نیز موفق به دریافت نشان درجه یک علمی از مرحوم اکبر هاشمی رفسنجانی ریاست وقت جمهوری اسلامی ایران شد. وی به پاس خدمات گستردهاش در دو عرصه حوزه و دانشگاه، ملقب به علامه شد. معروف است که دهخدا از سیدجعفر شهیدی دعوت به همکاری کرد و در نامهای نوشت: «او اگر نه در نوع خود بینظیر، ولی کمنظیر است». دهخدا از او خواست که با او همکاری کند و زمان زیادی را برای این همکاری در نظر بگیرد.
علامه سیدجعفر شهیدی پس از مجاهدتهای بسیار در راه تالیف لغتنامه پارسی، کتابهای تاریخ، ادبیات و گردآوری مجموعههای دینی و اعتقادی و همچنین شهادت فرزندش شهید سیداحسان شهیدی، سرانجام صبح روز 23 دی ماه دعوت حق را لبیک گفت. یادش گرامی و راهش پر رهرو باد.
دکتر علی دارابی - استاد دانشگاه
در یادداشتی اختصاصی برای جام جم آنلاین مطرح شد
در یادداشتی اختصاصی برای جام جم آنلاین مطرح شد
سید رضا صدرالحسینی در یادداشتی اختصاصی برای جام جم آنلاین مطرح کرد
در یادداشتی اختصاصی برای جام جم آنلاین مطرح شد
در استودیوی «جامپلاس» میزبان دکتر اسفندیار معتمدی، استاد نامدار فیزیک و مولف کتب درسی بودیم
سیر تا پیاز حواشی کشتی در گفتوگوی اختصاصی «جامجم» با عباس جدیدی مطرح شد
حسن فضلا...، نماینده پارلمان لبنان در گفتوگو با جامجم:
دختر خانواده: اگر مادر نبود، پدرم فرهنگ جولایی نمیشد