در قسمت ورودی موزه ابزار و انواع مواد و رنگهایی که برای ساخت شیشه مورد استفاده قرار دارند و همچنین نمونه هایی از اشیای ساخته شده خودنمایی می کنند. در سرسرای طبقه اول سفالینه های پیش از تاریخ که در اشکال مختلف حیوانی ساخته شده اند ، به نمایش گذاشته شده ، اما در سرسرای طبقه دوم اشیای آبگینه و سفالینه دوران اسلامی قرار دارند که شامل ظروف مختلف شیشه ای متعلق به قرن 4 تا 6 هجری هستند.
سفالینه های موجود در این بخش نمایشگر تکنیک های مختلف تزیینی مانند نقاشی زیرلعاب ، پوشش لعاب گلی با نقاشی رنگارنگ ، لعاب فیروزه ای و سیلوهت و مشبک یا سوزنی است و به منظور معرفی سفالگری و آبگینه دوره معاصر 2 ویترین نیز به معرفی آثار هنرمندان معاصر اختصاص داده شده است.
6 تالار موجود در این عمارت که تالار سمعی و بصری ، صدف ، دنیا ، بلور ، زرین و لاجورد 1 و 2 نام گرفته اند نیز اشیای موجود را به تفکیک دوره های مختلف به نمایش گذاشته اند. در تالار سمعی و بصری بازدیدکنندگان با چگونگی حفاری یک محل برای مطالعات باستان شناسی آشنا می شوند.
روی دیوار تالار جدول زمان سنجی نصب شده است که قدمت سرزمین ایران را نشان می دهد. در تالار مینا اشیای شیشه ای و سفالین متعلق به هزاره اول و دوم پیش از میلاد به نمایش درآمده و در تالار بلور آثار شیشه ای مربوط به هزاره اول پیش از میلاد تا اوایل اسلام خودنمایی می کنند. در تالار صدف سفالهای سده سوم تا هفتم ه. ق را در خود جای داده است که نمونه های سفال اوایل اسلام و کاربرد خطوط کوفی تزئینی از جمله آنهاست.
در تالار زرین نمونه سفالهای قرن 4 تا 7 هجری قرار دارد که در بسیاری از این ظروف نقشهای زیبا و صحنه هایی از داستان های حماسی و خطوط دربرگیرنده اشعار ، ضرب المثل ها و دعاهای خیر دیده می شوند. تالار لاجورد (1) محل استقرار ظروفی است که تغییراتی در فرم و تزئینات آنها داده شده و بیشتر در شهر گرگان ساخته شده اند و در تالار لاجورد (2) آثار شیشه ای مربوط به قرن 11 تا 13 ه ق یعنی از دوره صفویه تا قاجار نگهداری می شود که بیانگر آن است در این دوره ظروف ساده تر شده و نقش کمتری روی آنها حک شده است.