سال 1318 برای ادامه تحصیل علوم دینی به قم عزیمت کرد و سال 1328 راهی نجف شد و در این دو شهر از محضر علما و بزرگان کسب فیض کرد.
شهید قاضی طباطبایی سال 41 با شروع نهضت اسلامی به علت فعالیت علیه رژیم، توسط مأموران دستگیر و به زندان قزل قلعه منتقل و سپس به شهرهای بافت و کرمان و زنجان و پس از آن به عراق تبعید شد، ولی پس از یکسال به ایران بازگشت و به هدایت مردم و روشنگری و تبلیغ اسلام پرداخت و تا پیروزی انقلاب اسلامی به مبارزات خود و ارشاد مردم ادامه داد.
آیتالله قاضی طباطبایی اولین شهید محراب، در دهم آبان 1358 شمسی، مصادف با عید قربان، نماز عید را اقامه کرد و همان شب در راه مراجعت به منزل توسط منافقین مورد اصابت گلوله قرار گرفت و به فیض شهادت نائل میشد.