یکی از بناهای تاریخی و دیدنی ماکو، قرهکلیساست که در جنوب شهر و ۲۰ کیلومتری شمال شرقی چالدران در کنار روستایی به همین نام واقع شدهاست. قرهکلیسا در زبان ترکی به معنای کلیسای سیاه است (قره: سیاه) چراکه ابتدا این کلیسا با سنگهای سیاه ساخته شد و بعدها که مورد بازسازی قرار گرفت بخشهایی از آن را با سنگ سفید مرمت کردند. این کلیسا میان بسیاری از ارامنه به نامهای تادئوس مقدس یا کلیسای طاطاووس شهرت دارد، زیرا به استناد منابع تاریخی و مذهبی، قره کلیسامزار تادئوس(طاطاووس) مقدس یکی از حواریون عیسی مسیح است.
در منابع تاریخی همچنین آمده که بخشی از ارمنیان پیش از گرویدن به دین مسیح، پیرو دین زرتشت بوده و بخشی نیز آئین مهرپرستی داشتهاند. برای نخستین بار سال ۴۳ میلادی 2 نفر از حواریون به نامهای طاطاووس و بارتولومئوس از شمال بینالنهرین گذشته و برای رساندن پیام مسیح به ارمنستان وارد ایران میشوند. تادئوس مقدس سال 66 میلادی به خاطر بشارت مسیحیت به قتل رسید. مقبره وی در قره کلیسا قرار دارد و به عنوان یکی از زیارتگاههای مهم ارمنیان از آن یاد میشود.
موقعیت خاص جغرافیایی کلیسا به گونهای است که اطراف آن را از هر طرف کوهها در بر گرفتهاند. در کنار کلیسا رودخانهای قرار دارد که سبب شده زمینهای کشاورزی اطراف و حیاط کلیسا حاصلخیز شوند. از ویژگیهای معماری این کلیسا داشتن دیوارهای قطور و درهای کوچک است. در داخل محوطه، اتاقهای متعدد برای اقامت راهبان، روغنگیری، آسیاب، آشپزخانه، نگهداری مواد غذایی، انبار علوفه حیوانات و سایر امکانات وجود داشته که در واقع اینها شرایط بقای کلیسا را فراهم میکرده است. سنگنوشتهها، حجاریها و نقاشیهای فوقالعاده زیبا، قره کلیسا را از بسیاری کلیساهای همعصر خود متمایز میکند.
بنابر عقیده ارامنه، کلیسای طاطاووس اولین کلیسایی است که به دستور مبشرین و حواریون مسیح در دنیا ساخته شده و چون از نظر مذهبی، شهادت را بزرگترین سعادت برای بشر میدانند، هر سال در روزهای آخر تیرماه و هفته اول مردادماه که مصادف با قتل تادئوس مقدس و پیروان مسیحی اوست، در قره کلیسا مراسم خاصی بر پا میشود.
یکی از آداب پسندیده در طول زیارت 3 روزه، آیینهای غسل تعمید کودکان و نوجوانان ارمنی در این کلیساست، زیرا عدهای براین عقیدهاند که تعمید کودکانشان در نخستین کلیسای حضرت مسیح و محل شهادت حواری آن حضرت، همراه با خیر و برکت است. گروهی نیز فرزندانشان را با نذر و نیت در آنجا غسل تعمید میدهند که به همین خاطر سن غسل تعمید گیرندگان گاه به 15 و 20 سال هم میرسد.
این کلیسا در دورههای مختلف به دلایل گوناگون ویران و مجدد بازسازی شده است. سال 1230 میلادی (616 هجری) هنگام حمله چنگیز، قسمت بزرگی از آن ویران شد، ولی هنگام اقامت هلاکوخان مغول در آذربایجان، خواجه نصیرالدین طوسی، وزیر دانشمند هلاکو به مرمت آن همت گماشت. حدود یک قرن بعد (در سال 1319 میلادی) این کلیسا به دلیل وقوع زلزله ویران و 10 سال بعد دوباره مرمت شد.
این کلیسا سال 1691 میلادی با سنگهای سیاه بازسازی شد. در سال 1810 به وسیله یکی از اسقفهای مشهور ماکو به نام سیمون بزنونی با نصب سنگهای سفید و بار دیگر در زمان قاجار به وسیله عباس میرزا تعمیر شد. یادگار دوره صفوی نیز در این کلیسا فرمان شاه عباس است که در حمایت از ارمنیان به خط ارمنی بر سردر آن دیده میشود.