بعد از المپیک آتن، فلپس آنقدر مشهور شده بود که به صورت مرتب از سوی نشریات و برنامههای پرتماشگر تلویزیونی آمریکا دعوت به مصاحبه میشد، در این زمان او در یک سری برنامه تلویزیونی مثل «صبح به خیر آمریکا» و «شوی شبانه» شرکت کرد. همچنین در یک تور دور آمریکا برای تبلیغ ورزش شنا شرکت کرد.
یک شب او را در حالی که در حالت مستی رانندگی میکرد دستگیر کردند. فلپس به همین خاطر محکوم به پرداخت 250 دلار جریمه شد و حتی مجبور شد که در برنامه همایش «مادران علیه الکل» شرکت کند و در مدرسههای محلی در مورد مضار الکل سخنرانی کند، او همچنین به 18 ماه حبس تعلیقی محکوم شد.
فلپس استفاده از ماده مخدر «حشیش» را تایید کرده است. او از طریق خبرگزاری AP و همچنین پایگاه اینترنتی خودش از این رفتارش عذرخواهی کرده است. او گفت: «مرتکب رفتاری شدم که تاسف برانگیز است. با وجود موفقیتهایم در 23 سالگی رفتاری نسنجیده داشتم. آن طور بودم که نمیتوان از من انتظار داشت. متاسفم به هواداران و مردم قول میدهم که چنین چیزی دیگر تکرار نشود.»
اما معذرت خواهی فایدهای برای او ندارد چرا که او از سوی فدراسیون و دادگاه عالی ورزش به 3 ماه محرومیت از حضور در اماکن ورزشی، پرداخت 1700 دلار و سه ماه محرومیت از تمامی رقابتها محکوم شده است.