بنابر قول مشهور، نسبت امامزاده یحیی (ع) با پانزده واسطه به امام زین العابدین (ع) می رسد. بعضی از نسب شناسان نسب آن بزرگوار را به این شرح می دانند: یحیی بن محمد بن علی بن محمد بن ابوالحسن المطهر بن علی بن محمد بن علی بن حمزه بن احمد بن محمد بن اسماعیل بن محمد بن عبدالله اباهر بن امام زین العابدین.
روی صندوق مرقد، تاریخ 895 هجری قمری حک شده و این بزرگوار یحیی بن زیدبن امام حسن مجتبی معرفی شده است. لقب ایشان عزالدین و کنیه اش ابوالقاسم است.
در کتاب اختران فروزان طهران و ری راجع به ایشان آمده است: قبل از ولادتش ، پدرش ابوالفضل محمد شرف الدین ، حضرت رسول اکرم (ص) را در خواب دید که ایشان خبر ولادت او را داده و فرمودند: نام او را یحیی بگذارد. پدرش از این امر تعجب کرد و راز آن ندانست تا زمان شهادتش که همچون حضرت یحیی بن زکریا (ع) مظلومانه شهید شد و سرش را در طشتی گذارده و نزد طاغوت زمان بردند، آنگاه راز نامگذاری او به یحیی معلوم شد که از جهت شباهت به شهادت حضرت یحیی بوده است.
این بزرگوار در زمان حیاتش بسیار عظیم الشان بود و زعامت سادات قم و ری و اطراف آن را به عهده داشته است و مورد احترام ، تجلیل و تعظیم سلطان زمان ، طغرل بیک سلجوقی بوده است که همواره به اتفاق امیران دولتش به زیارت و دستبوسی ایشان شرفیاب می شدند. تا زمانی که سلطان محمد خوارزمشاه به جنگ طغرل سلجوقی رفت و او را شکست داد و این بزرگوار را نیز به شهادت رساند.
امامزاده محمد
قبر دیگری در جوار امامزاده یحیی وجود دارد که به نام امامزاده محمد مشهور است. اطلاعات چندانی در مورد ایشان در دست نیست و گفته می شود برادر آن بزرگوار است.
امامزاده در چند مدتی میدان پسته بک قرار دارد. مقبره امامزاده یحیی در اتاقی به مساحت حدودا 50 متر مربع قرار گرفته است. داخل حرم با هنر آیینه کاری و کاشی کاری های بسیار زیبا و چشم نواز تزیین شده است. داخل ضریح و روی مرقد مطهر صندوق منبت عتیقه و نفیسی قرار دارد که به دستور عضدالدوله و ملکشاه غازی فرزند ملک شاهرخ در سال 859 هجری قمری دو برادر به نامهای استاد حسین و محمد لواسانی آن را ساخته اند. ابعاد صندوق به طول 2.05 متر و عرض 1.118 متر است که روی بدنه های اطراف آن کتیبه های متعدد وجود دارد. بعضی معتقدند ملک شاه مذکور در این کتیبه ملک شاه غازی لواسانی است که نامش در دوره پادشاهان آق قویونلو بین سالهای 890 تا 900 به چشم می خورد. دور تا دور ضریح به شکل مربع شکل با چهارستون پهن آراسته شده است.
معمار بنای جدید بقعه ، حاج عباسعلی معمار بوده و عباس نام آور، خادم آستانه نیز در تجدید بنای بقعه نقش زیادی داشته است.
امامزاده محمد نیز سمت راست امامزاده یحیی قرار دارد. برای مقبره ایشان ضریحی نصب نشده است و دور تا دور سنگ مزار ایشان با شیشه محافظت می شود.