مذاکره در شهر برایتون شروع شد و طی آن اعتمادالسلطنه و تالبوت به توافق رسیدند. وقتی شاه به برایتون آمد، تالبوت توانست با دادن رشوه‌هایی به درباریان، از جمله امین السلطان، نظر موافق شاه را به دادن انحصار دخانیات، در مقابل دریافت ۲۵هزار لیره جلب کند. بعد از برگشت شاه به ایران، تالبوت نیز برای شروع کار به ایران آمد. طبق قرارداد یادشده، کمپانی رژی باید سالانه ۱۵هزار لیره به صندوق دولت ایران واریز می‌کرد و در عوض کشت و فروش توتون و تنباکو را در انحصار خود می‌گرفت. سیاستی که استعمار انگستان در این گونه موارد به کار می‌برد، این بود که شخصی را رابط قرار می‌داد که آن شخص امتیاز بگیرد؛ اما در اصل امتیاز از آن انگلستان بود. بعد از امضای قرارداد، کارکنان شرکت انگلیسی درشهرهای ایران پراکنده شدند، اما مردم از ورود آنان به داخل شهرها جلوگیری کردند.در این موقع سیدجمال‌الدین اسدآبادی به پیشنهاد یکی از علمای مبارز به نام سیدعلی‌اکبر فال اسیری که در تبعید بود، نامه‌ای به میرزای شیرازی نوشت که این نامه بیانگر درک عمیق سید از وضعیتی بود که مردم آن زمان داشتند. سید نامه‌هایی نیز به علمای داخل کشور نوشت. بعد از وصول نامه، میرزای شیرازی در تاریخ ۱۹ذی‌الحجه ۱۳۰۸ هجری قمری، ۱۷ماه پس از امضای قرارداد با کمپانی رژی به وسیله کامران میرزا نایب‌السلطنه، تلگرافی را نزد شاه فرستاد و گفت کسانی را که تبعید کرده به کشور بازگرداند و در مورد قرارداد، مخالفت خود را ابراز کند. وقتی این تلگراف به دست شاه رسید، اعتنا نکرد و فقط خود شاه، امین‌السلطان و چند نفر دیگر از این تلگراف با خبر شدند. ناصرالدین شاه برای پاسخ به نامه میرزای شیرازی، به میرزا مشیر الوزاره، کارپرداز ایران در بغداد گفت که پیش میرزا رفته و با او مذاکره و از سیاست دفع‌الوقتی استفاده کند. درنهایت پس از بی اعتنایی شاه قاجار، حکم تحریم تنباکو از طرف آیت‌ا... میرزای شیرازی به این شرح صادر شد:
بسم‌ا... الرحمن الرحیم
«الیوم استعمال توتون و تنباکو بای نحو کان در حکم محاربه با امام زمان عجل‌ا... تعالی فرجه است.»
در شهر ولوله‌ای افتاد، هر کس که سواد داشت، از روی آن نسخه‌ای برداشت. این حرکت نشانگر آغاز یک مبارزه عمیق دینی علیه استعمار بود؛ چراکه برای اولین بار یک فتوای دینی که برای مقلدان مرجع عظام تقلید، واجب‌الاطاعه به شمار می‌رود، جایگاه یک امریه سیاسی ضداستعماری را پیدا می‌کرد و این موقعیتی والاتر از احکام جهادی بود که در زمان جنگ با روس یا اشغالگران انگلیسی از سوی علما و مراجع صادر می‌شد. در این موقع شاه و امین‌السلطان با استفاده از خواجگان معمم درباری این حکم میرزا را، جعلی قلمداد کردند؛ اما مردم فریب نخورده و به مبارزه خود ادامه دادند تا این‌که امتیاز داخلی دخانیات از طرف شاه لغو شد اما علما و مردم به این الغا بسنده نکرده و خواستار لغو امتیاز خارجی نیز شدند. پس از حکم میرزا، قلیان‌ها شکسته شد، مردم از کشیدن توتون و تنباکو دست کشیدند، تمام مغازه‌های فروش توتون و تنباکو را بستند و با شرکت‌رژی نیز معامله نکردند. این جریان ادامه یافت تا این که در تاریخ ۲۳جمادی الاول۱۳۰۹، اعلانی درکوچه و بازار زده شد با این جملات: «بر حسب حکم جناب حجت‌الاسلام و المسلمین آقای میرزای شیرازی، اگر تا ۴۸ساعت دیگر امتیاز دخانیات لغو نشود، یوم دوشنبه آتیه جهاد است، مردم مهیا شوید.»
شاه بسیار ناراحت شد و خارجیان نیز از ترس جان خود از تهران و دیگر شهرها فرار کردند. شاه روشی خشونت‌آمیز پیش گرفت تا بتواند علما را از راه تهدید به حبس و تبعید ساکت کند. رئیس کمپانی رژی هم نزد امین‌السلطان رفت و از وی خواست علما را راضی کند و حتی از وی تقاضا کرد میرزای آشتیانی را از تهران تبعید کند. امین‌السلطان این موضوع را به شاه رساند و پس از اصرار زیاد، شاه پذیرفت و طی نامه‌ای به میرزای آشتیانی این چنین نوشت: « یا بمان و بالای منبر برو و قلیان بکش، یا از تهران خارج شو.»
میرزای آشتیانی یک شب مهلت گرفت که وسایل سفرش را آماده کند. بامداد روز دوشنبه سوم جمادی‌الثانی ۱۳۰۹ میرزای آشتیانی قصد خروج از تهران کرد که مردم به خیابان‌ها ریختند و درحالی که کفن پوشیده‌بودند، با شعار «یا غریب‌الغرباء، می‌رود سرور ما» به سوی خانه میرزا حرکت کردند. جمعیت تا ظهر به چند هزار نفر رسید. دکان‌هایی که باز بودند، بسته شدند و مردم از آنجا به سمت مسجد شاه حرکت کردند.
امین‌السلطان دستخط شاه را مبنی بر لغو امتیاز خارجه تسلیم میرزای آشتیانی کرد. علما دوباره از میرزای شیرازی خواستند آیا حکم سرجایش هست یا نه؟ که میرزا این حکم را صادر کرد:« حکم تحریم لغو شد.»
روز سه شنبه ۲۵ جمادی‌الثانی ۱۳۰۹، اعلامیه‌ای منتشر شد که مردم می‌توانند با آسایش خاطر قلیان، چپق و سیگار بکشند. سرانجام امتیاز تنباکو لغو و این مطلب در بهمن۱۲۷۰ مطابق با ۵آوریل ۱۸۹۲ به امضای ناصرالدین شاه رسید. و یکبار دیگر در تاریخ معاصر ایران نشان داده شد تنها مبارزان پایدار میادین نبرد با استعمار، روحانیت ومرجعیت و پیروان ومقلدشان هستند.
روحانیون در راس نهضت تنباکو
حضرت امام‌خمینی (رحمه‌ا...علیه) در سخنرانی که به مناسبت شهادت حاج‌آقا مصطفی خمینی در مسجد شیخ انصاری نجف به تاریخ ۱۰آبان۱۳۵۶ ایراد فرمودند، درباره نهضت تنباکو و حضور روحانیت در راس این نهضت، گفتند: «در این صد و چند سال، یکیش قضیه تنباکو بود که همه مطلع هستید. میرزا ـ رضوان‌ا...
علیه ـ میرزای شیرازی بزرگ ـ رضوان‌ا... علیه ـ امر فرمود و علمای ایران، علمای بلاد ایران ـ رضوان‌ا... علیهم ـ که در رأس‌شان میرزای آشتیانی بود، در تهران اجرا کردند این مطلب را و دولت ساقط شده ایران را زنده کردند؛ ساقط کرده‌بودند اینها، برای یک مقدار کمی که می‌خواستند بروند تعیش کنند و دوره گردی کنند، اینها فروخته‌بودند ایران را به خارجی‌ها و میرزای شیرازی ـ رضوان‌ا... علیه ـ امر فرمود و سایر علمای ایران جانفشانی کردند و زجر کشیدند، زحمت کشیدند، قیام کردند، مردم را به قیام واداشتند تا این‌که لغو شد... .»
