باید بدانیم که افراد مبتلا به اختلال هویت جنسی از نظر ساختمان بدنی و اندامهای جنسی دارای اختلالند. به این صورت که بخشی از اندامهایشان زنانه و بخشی مردانه است. بهعنوان مثال ممکن است در حالی که ظاهر اندامهای جنسی شان مردانه به نظر میآید، درون شکم اندامهای جنسی زنانه مثل رحم و تخمدان دارند و یا برعکس.