در حالی که در گذشته (دهه های 1950 - 1960) تجارت غیرقانونی مهمترین مشکل و عامل تهدید این گونه بوده ، تهدیدات و عوامل امروزی عمدتا شامل تخریب زیستگاه ، جمع آوری تخم ، به دام افتادن در تورهای ماهیگیری و استفاده های سنتی و دارویی از اعضای بدن تمساح هاست . مطالعات و بررسی های کافی و مناسب جمعیتی تنها در هندوستان و سریلانکا صورت پذیرفته است و نشانگر آن است که جمعیت ها در حالی که عمدتا کوچک و جدا افتاده هستند، کاملا گسترده و پراکنده (مثل جمعیت این گونه در ایران) نیز هستند. هر چند که سریلانکا بزرگ ترین جمعیت وحشی این گونه را که به حدود 2000 تمساح بالغ می شود، داراست ، اما جمعیت یادشده تنها در دو پارک ملی این کشور متمرکز شده است . در بررسی هایی که سال های دور برای اولین بار روی این گونه در ایران صورت گرفته ، تعداد تمساح ها بیش از 50 عدد عنوان شده است و برخی از کارشناسان در گزارش خود این تعداد را 50 یا 100 و شاید بیشتر عنوان کرده اند.
هم اکنون بررسی ها نشان می دهد، مهم ترین عامل تهدیدکننده تمساح مردابی در سطح جهانی تخریب زیستگاه عنوان شده است و در طبقه بندی های انجام شده در فهرست سرخ آی.یو.سی.ان (IUCN Red list) این گونه در طبقه آسیب پذیر (Vulnerable) قرار گرفته است.
فعالیت های اقتصادی روی تمساح ها علاوه بر تولید پوست و چرم دربرگیرنده اقدامات و تولیدات دیگری نظیر گوشت ، فروش حیوانات زنده به باغ وحش ها و مزارع پرورش تمساح ، تمساح های تاکسیدرمی شده ، استفاده های تحقیقاتی و مطالعاتی (علمی آموزشی) و سرانجام مهمتر از همه استفاده های اکوتوریستی است (موفق ترین مزارع پرورش تمساح در جهان مزارعی هستند که درآمد قابل توجهی از جذب توریست و بازدیدکننده دارند. تمامی این فعالیت ها علاوه بر درآمد مستقیم برای صاحبان مزارع (چه دولتی و چه خصوصی) با ایجاد فرصت های شغلی و درآمدهای غیرمستقیم برای مردمان محلی نیز مفید و قابل توجه خواهند بود. این مهم انگیزه لازم برای حفاظت از جمعیت های وحشی تمساح ها را نیز در مناطق پراکنشی آنها به وجود خواهد آورد.
مزارع یا کارگاه های پرورش تمساح
عمده محصول کارگاه های پرورش تمساح ، پوست آن است که بیشترین درآمد و بالاترین قیمت را دارد، اما بسته به شرایط مختلف و مهیا بودن شرایط لازم نظیر دما و رطوبت بالا، غذای مناسب و مکفی و مدیریت اصولی و صحیح مزارع مدت زمان لازم برای رسیدن به سن کشتار و پوست کنی یک تمساح نوزاد در شرایط ایده آل 5 - 6 سال است . این مدت برای یک تمساح 1 متری به 34 سال می رسد. اندازه مناسب کشتار و پوست کنی برای تمساح ها معمولا 1.5 متر است. مبنای فروش پوست آن نیز عرض ناحیه شکم است نه طول آن . انتخاب نوع گونه بسته به شرایط بازار و بیولوژی خود گونه و نیز مسائل اقتصادی مرتبط به آن هم از اهمیت زیادی برخوردار است ، بنابراین در بیانی کلی ، سیکل تولید در مقایسه با گونه ها و حیوانات معمولی طولانی است که از نظر اقتصادی بازگشت سرمایه نیز طولانی خواهد بود.
پرورش تمساح هرچند که در کشورهای مختلف نظیر تایلند، استرالیا یا مالزی و کشورهای آفریقایی معمول و مرسوم است ، اما در این خصوص تجربیات گذشته ، گونه های موجود، شرایط آب و هوایی ، شرایط فرهنگی اجتماعی و مذهبی و مسائل فنی و اقتصادی براحتی قابل چشم پوشی نیستند. هر چند که پوست دباغی و رنگ شده یا به اصطلاح «کامل» قیمت بسیار بالایی دارد، اما امکان دباغی آن با توجه به نیاز به فناوری آن و نیز تخصص های لازم در هر کشوری میسر نیست . در حال حاضر تنها 7 کارخانه دباغی و تولید چرم کروکودیل در جهان وجود دارند که تعیین کننده قیمت های نهایی و میزان عرضه نیز هستند.اما استفاده از دیگر تولیدات و عمدتا گوشت بستگی به یافتن بازارهای مناسب و عرضه اصولی آن دارد. قیمت گوشت در مقایسه با پوست تولید شده خیلی کمتر است . استفاده های دارویی از اجزای بدن تمساح ها یا خون آن نیز بیشتر ریشه در فرهنگ ، آداب ، سنن و اصول مذهبی کشورها و مردمان آن دارد که در بسیاری از موارد اثرات مثبت آن اثبات شده نیست . با توجه به این که معمولا تمساح ها در شرایط و محیطهای طبیعی کمتر دچار بیماری می شوند، در سطح جهان تحقیقات روی سیستم ایمنی و دفاعی بدن آنها برای یافتن درمان های احتمالی برای برخی بیماری ها یا پیشگیری از آنها در حال انجام است ، اما هنوز هیچ موردی به طور قطع در این خصوص اعلام نشده است.
پرورش تمساح در صورت رعایت نکات ریز و حساس آن می تواند فعالیت اقتصادی سودآوری باشد، اما رعایت برخی شرایط و دستورالعمل ها برای انجام آن ضروری خواهد بود. گفتنی است بحث پرورش اقتصادی با بحث حفاظت از گونه بومی 2 موضوع متفاوت است که به هیچ عنوان نمی توان آنها را در یک قالب قرار داد و موضوع حفاظت از گونه ها، وظیفه قانونی سازمان حفاظت محیطزیست است که حفاظت از تمساح مردابی هم در برنامه هایشان در حال پیگیری است.