ابتدا او استعمال تنباکو را تحریم کرد!

او شخصیتی چندوجهی داشت : در ساحت عبادی نخستین کسی بود که رسم احیای شبهای جمعه را در مسجد مصلای تخت فولاد با اقامه نماز و قرائت قرآن و دعای کمیل و توبه و انابه بنیاد نهاد. در وجه سیاسی نیز بسیار فعال بود. پس از اعطای امتیاز خرید و فروش تنباکو به یک شرکت انگلیسی به نام رژی ، کارکنان کمپانی به کشور وارد شدند و با حمایت دولت و ماموران حکومتی برای جمع آوری توتون و تنباکو ، فشار و توهین زیادی به مردم می کردند. او به همراه سایر علمای اصفهان به مقابله با این وضع برخاستند و یک فتوای جمعی در تحریم استعمال توتون و تنباکو صادر کردند که رووس آن فتوا عبارت بود از:
1- تحریم استعمال تنباکو
2- حکم ارتداد طرفداران کمپانی.
3- نجس بودن کارکنان کمپانی.
4- منع ورود کارکنان ایرانی کمپانی به حمام ها [ی عمومی] و مساجد و استفاده از سقاخانه ها. پس از آنکه میرزای شیرازی فتوای تحریم استعمال توتون و تنباکو را صادر کرد، این تحریم جنبه سراسری و ملی به خود گرفت که به لغو قرارداد مذکور انجامید.

درماندگی ظل السلطان

دامنه نفوذ او و سایر علما در مقابله با امتیاز تنباکو به حدی بود که ظل السطان ، فرزند ناصرالدین شاه و حاکم مستبد و خونریز اصفهان را درمانده کرد ، آن طور که به پدر نوشت : اگر چه آقا نجفی و... ملاباقر فشارکی را عرض کرده ام ، ولیکن به واسطه اعلاناتی که در کوچه چسبانیده اند و هر جا که فرنگی می بینند داد و فریاد می کنند ، لاعلاج در این دو روزه در میدان مصلی ... اجتماعی کرده اند که بر منبر رفته ، بر ضد دولت در باب تنباکو و بانک و غیره مطالب بگویند... در اینجا کشیدن قلیان را حرام اندر حرام و حامی فرنگی را «کافر و واجب القتل» و بستگان آنها را نجس العین اعلان کرده اند. آن عالم مجاهد در 12 دی 1275 (26 رجب 1314) در اصفهان درگذشت و در تخت فولاد به خاک سپرده شد. از او آثار بسیاری به جا مانده ، از جمله : آداب نماز شب ، اعمال 3 ماه ، اصول دین ، اربعین ، رساله در معرفت اسامی 14 معصوم (ع) و رساله عملیه .