نکونام و فرهاد هر چند در ظاهر دوست هستند ولی رابطه خوبی با هم ندارند. چندی قبل فرهاد مجیدی به کنایه صحبتی علیه کاپیتان سابق تیم ملی کرد. او گفت: «کسانی که یک سال در استقلال بودند و پول میلیاردی گرفتند، مدعی نیمکت این تیم هستند.» فرهاد دقیقا با این جمله جواد نکونام را هدف گرفت. البته نزدیکان نکونام هم بعدها گفتند او استقلالی تر از فرهاد مجیدی است چراکه حداقل در آستانه قهرمانی استقلال به بهانه دخترش این تیم را ول نکرد و نرفت. با توجه به این سابقه بد دوستی به نظر میرسد این شایعه از بیخ و بن غلط است. در حال حاضر شایعاتی درباره احتمال حضور نکونام در تیم ملی امید شنیده میشود.
مرور بزرگ ترین جنجال های تاریخ جام جهانی (8)