مژگان ریاحی افزود: ابزار سنگی این موزه نمونههایی از نخستین تولیدات تکنیکی انسانهای دوره نوسنگی است که در ساخت آنها از روشهای ماهرانهای استفاده شده است. وی افزود: پیکرههای گلی این دوره نیز در ارتباط با فرهنگ و آیینهای مذهبی دوره نو سنگی هستند؛ ظروف سفالی نخودی منقوش به نقوش هندسی به رنگ سیاه متعلق به هزارههای چهارم و پنجم قبل از میلاد، آجر نوشته به خط میخی دوران ایلام میانه متعلق به هوته و اوتوش اینشوشیناک پادشاه این دوره، ظروف مفرغی ساده و نقشدار در فرمهای مختلف شامل کاسه، لیوان، ظروف لولهدار و بشقابهای مفرغی از دوران مادها از دیگر میراث تاریخی است که در این موزه نگهداری میشود.
وی گفت: کاسه سنگی کتیبهدار، با کتیبه میخی متعلق به دوره هخامنشی با این مضمون که «اهورا مزدا این کشور را از دشمن، دروغ و خشکسالی حفظ کن» و در چوبی مسجد اتابکان شهرکرد از دوره صفویه، موزه زیورآلات طلایی از دوره سلوکی و همچنین سکههای طلا و نقرهای از امپراتوری روم گوشههایی دیگر از آثار تاریخی نگهداری شده در این موزه است.
موزه باستانشناسی شهرکرد با تغییر کاربری بنای تاریخی حمام پرهیزگار ساخته شده است. این بنا در سال 1326 شمسی توسط حاج ابولقاسم آزاد چالشتری و از محل مایملک حاج آقا حسین پرهیزگار ساخته شد و در سال 1334 شمسی وقف عام گردیده است.
ساختمان موزه یکی از آخرین بناهای دوران معاصر است که به شیوه معماری سنتی حمامهای تاریخی کشور ساخته شده است.