یکی از اظهارنظرهای مشهور استاد فاطمی نیا، بیانات ایشان در خصوص ولایت فقیه و مقام معظم رهبری است که در لزوم تبعیت از ایشان فرمودهاند: «بدانید و آگاه باشید هرکس کوچکترین حرفی در تضعیف مقام رهبری بزند، هرکس اندیشهای داشته باشد که ضد مقام رهبری باشد، خدا او را نخواهد بخشید. این را یقین بدانید. قدردان رهبر باشید؛ اگر افکار پاشیدهای، پوسیدهای به شما عرضه کردند، قبول نکنید؛ این مرد بزرگ عزّ اسلام است و هرکس با این مرد بزرگ، با مقام معظم رهبری مخالفت کند، خدا از او نمیگذرد، اگر یقین نداشتم نمیگفتم.»