ایجاد بانک اطلاعاتی ساختار پروتئین‌ها

در حال حاضر تمام محققان و دانشمندان اقصا نقاط جهان که به اینترنت دسترسی داشته باشند می‌توانند از نتایج کاری که بتازگی تحت هدایت هارولد اسکرگا، یکی از شیمیدانان دانشگاه کرنل انجام شد، استفاده کنند. این تیم یک بانک اطلاعاتی کاملا جامعی ساخته که بسرعت می‌تواند چگونگی و کیفیت ساختار پروتئین را با مقایسه تغییرات شیمیایی قابل مشاهده و پیش‌بینی شده که در حقیقت اثرانگشتی از ترکیبات باقیمانده هر پروتئین است، مشخص کند. این تغییرات اطلاعات سودمندی برای تایید، تشخیص و پالایش ساختار پروتئین فراهم می‌کند.

کد خبر: ۲۸۲۳۰۷

این خدمت عمومیcheshitt server نامیده شده که در نشانی اینترنتی ‌http://cheshitt.com می‌توان آن را پیدا کرد. توضیح در مورد این سرویس در آخرین چاپ نشریه «اقدامات آکادمی ملی علوم» در 7 سپتامبر آمده است. آنچه در این سایت تدارک دیده شده یک شیوه‌شناسایی کامل و جامع است که هر شخص می‌تواند با مراجعه به آن اطلاعات لازم را به دست آورد. یکی از روش‌های تصویربرداری ساختار پروتئین‌ها که در بیشتر موارد مورد استفاده قرار می‌گیرد طیف‌بینی رزونانس مغناطیسی هسته (NMR) است که به تشخیص اسپین مغناطیسی هسته‌ای مشخص می‌پردازد و اطلاعات به دست آمده را برای استنباط این که کل ساختار به چه چیزی شباهت دارد، به کار می‌برد. دانشمندان از روش اندازه‌گیری تغییرات شیمیایی کربن 13 در آزمایش‌های NMR استفاده می‌کنند.

کربن 13 یک ایزوتوپ پایدار است که در ترکیب پروتئین‌ها وجود دارد؛ البته تصاویر به دست آمده از روش NMR در مورد هر نمونه پروتئین نمی‌تواند کاملا درست باشد، چرا که با این روش و اطلاعات ناشی از آن می‌توان تا 20 ساختار ممکن را تعیین کرد و در این حالت روش آسانی برای تعیین این که کدام یک از آنها درست است، وجود ندارد.محققان با استفاده از روش‌های کوانتوم ‌ شیمیایی برای کربن 13 و 20 ساختار آمینواسید طبیعی تمامی احتمالات تغییرات شیمیایی را محاسبه کردند و آنها را در سرور cheshitt قرار دادند. این سرور شامل بیش از نیم میلیون تغییرات شیمیایی محاسبه شده در کربن 13 است که نتیجه یک سال فعالیت بی‌وقفه محققان است. اما پرسش اینجاست وقتی یک ساختار تعیین شده توسط روش NMR گزارش می‌شود چگونه می‌توان فهمید که این ساختار صحیح است؟ در پاسخ باید گفت:

در این زمینه نیاز به روش‌های ارزیابی مطمئن و قابل اتکایی احساس می‌شود و البته هیچ‌کس برای پاسخ دادن به این پرسش روش خاصی ارائه نکرده است. محققان معتقدند سرور آنها راه حلی برای مساله‌ای که از دیرباز محققان را به خود مشغول ساخته است، ایجاد می‌کند.