حضرت آیت الله خامنه ای همچنین با تأکید بر لزوم جدی گرفته شدن کرسی های آزاد اندیشی افزودند: حوزه های علمیه همواره مهد آزاداندیشی و بحث های جدی علمی بوده اند بنابراین کرسی های آزاداندیشی باید به یک عرف در حوزه های علمیه تبدیل شوند و زمینه تحمل دیدگاههای مختلف علمی فراهم شود.
ایشان ضرورت تشکیل هیأت های علمی برای سطوح و رشته های مختلف علمی و رسمیت یافتن آن در حوزه های علمیه نیز تأکید کردند.

رهبر انقلاب اسلامی همچنین با اشاره به ضرورت توجه به تبلیغ در داخل و خارج کشور، لزوم اهتمام بیش از پیش به غنابخشی محتوای مطالب و منابع را یادآور شدند و تأکید کردند: تشکیل یک مرکز به منظور تربیت طلاب برای تبلیغ در عرصه بین المللی لازم به نظر می رسد.

در این دیدار حجج اسلام آقایان حسینی خراسانی، مدرس و صاحب تألیفات متعدد آذربایجانی، محقق و نویسنده در رشته روانشناسی - الهی خراسانی، محقق و مدرس حوزه علمیه رفیعی، محقق حوزه و دانشگاه - حسینی ژرفا، محقق، نویسنده و شاعر - سهیل اسعد، از آرژانتین به نمایندگی از طلاب خارجی شمالی، محقق و نویسنده در فلسفه و کلام جدید عابدی، محقق و استاد دانشگاه در رشته حقوق فرحانی، محقق و نویسنده و استاد دانشگاه کاظمی، مدرس حوزه علمیه - میرمعزی محقق و نویسنده در اقتصادی اسلامی مظلومی، محقق در فلسفه تطبیقی نظافت، محقق و نویسنده واعظی، محقق و نویسنده در فلسفه و اندیشه سیاسی زاد هوش، مبلغ و مدرس، نظری از مجمع نمایندگان طلاب و خانم بهشتی محقق و استاد جامعه الزهرا به بیان دیدگاههای خود درخصوص مسائل مختلف حوزه های علمیه پرداختند.
محور مطالبی که در این دیدار بیان شد عباتند از:
* لزوم بازنگری و جایگزینی متون آموزشی و درسی حوزه های علمیه تحت اشراف مراجع عالیقدر و مدرسان حوزه و تدوین نظام جامع حوزه های علمیه
* بومی سازی علوم به ویژه علوم انسانی و اهتمام جدی حوزه های علمیه به علوم انسانی
* نگاه استراتژیک به وحدت حوزه و دانشگاه
* اهتمام بیش از پیش رسانه ها به ویژه رسانه ملی برای شناساندن نخبگان و محققان ، و ظرفیت ها و پژوهش های حوزه
* بازتعریف جایگاه حوزه در فعالیت های فرهنگی و علمی کشور و نحوه تعامل مراکز علمی و فرهنگی با حوزه های علمیه
* ایجاد فضای نقادی و آزاداندیشی در مباحث علمی
* ضرورت هماهنگی در مسائل مربوط به تبلیغ و مبلغان و آموزش شیوه های مختلف و نوین تبلیغ
* لزوم آشنایی بیش از پیش با ادبیات فارسی و فن خطابه
* برنامه ریزی جامع و دقیق تر برای طلاب خارجی
* ایفای نقش فعال تر حوزه برای نشر معارف دینی و پاسخگویی به نیازها در عرصه بین المللی
* صیانت از جایگاه فلسفه اسلامی در حوزه علمیه قم
* اهتمام جدی تر به پژوهش و تحقیق در حوزه های علمیه به ویژه درخصوص مسائل فقهی
* برنامه ریزی فراگیر برای مسائل آموزشی و پژوهشی حوزه های علمیه خواهران به ویژه تحقیق و پژوهش در خصوص مباحث روز زنان و خانواده
* بهره برداری هدفمند و متمرکز از فناوریهای نوین اطلاعات و رسانه های الکترونیک برای عرضه جهانی تولیدات علمی حوزه های علمیه
* توجه سازمان یافته تر به قرآن و نهج البلاغه در حوزه های علمیه
* گسترده شدن تشکیلات اداری پژوهشکده ها و مراکز حوزوی
* توجه به محتوا و کیفیت پژوهش ها همزمان با رشد کمی پژوهشکده ها
* ایجاد رشته های تخصصی در حوزه های علمیه