این نوع گروه‌ها و احزاب غالبا در زمان مبارزه کاملا مخفی بوده و کادرهای بالا و حتی اعضای گروه برای مردم ناشناخته‌اند و تنها از طریق برخی هواداران است که با به اصطلاح رعایت شرایط کاملا مخفی، در جریان فعالیت‌ها و موضع‌گیری‌های آنها قرار می‌گیرند. این نوع روابط تشکیلاتی سنگین و حصارهای متعدد و درهم بین تشکیلات و مردم، موجب بی‌اعتمادی یا حداقل عدم یک ایمان محکم قلبی نسبت به آن تشکیلات از سوی مردم می‌شود. ولی نهضت حضرت امام خمینی(ره) درشیوه مبارزاتی نیز طریقه‌ای نوین در تاریخ نهضت‌های آزادیبخش معاصر عرضه داشت؛ طریقه‌ای عمیقا مردمی و اسلامی.
حضرت آیت‌ا...خامنه‌ای در سلسله سخنرانی‌هایی درباره امامت و سیره حضرت امام جعفرصادق(ع)که در آذرماه ۱۳۵۳ در مسجد جاوید تهران ایراد کردند (والبته به دستگیری ایشان وتعطیلی مسجد جاویدمنجر شد) درباره مبارزات دوران امامان معصوم (علیه‌السلام) می‌فرمایند:«امام صادق(ع) یک تشکیلات عظیمی از مومنان به خود و از طرفداران جریان حکومت علوی در سراسر عالم اسلام، از اقصای خراسان و ماورا النهر تا شمال آفریقا، به وجود آورده بود. تشکیلات یعنی چه؟ یعنی این‌که وقتی امام صادق اراده می‌کند، آنچه را که او می‌خواهد بدانند، نمایندگان او در سراسر آفاق عالم اسلام، به مردم می‌گویند تا بدانند. یعنی از همه جا وجوهات و بودجه برای اداره مبارزه سیاسی عظیم‌آل‌علی جمع کنند، وکلا و نمایندگان او در همه شهرها باشند که مردم و پیروان امام صادق به آنها مراجعه کنند و تکلیف دینی و همچنین تکلیف سیاسی خود را از آن حضرت بپرسند. تکلیف سیاسی هم مثل تکلیف دینی واجب‌الاجراست. آن کسی که برای ما واجبالاطاعه و ولی امر است، فتوای مذهبی و اسلامی‌اش در باب نماز، زکات، روزه، بقیه واجبات با فتوای سیاسی‌اش و فرمان سیاسی‌اش در زمینه جهاد، روابط سیاسی، روابط داخل کشور و همه مسائل، یکسان و همه واجبالاطاعه است. امام صادق یک چنین تشکیلات عظیمی به وجود آورده بود و با این تشکیلات و به کمک مردمی که در این تشکیلات بودند با دستگاه بنی امیه مبارزه می‌کرد....»
دستوراتی که فتوای شرعی بودند
در طول تاریخ اسلام نیز روحانیون و مراجع و علما با الهام از همین نوع مبارزات ائمه معصومین(سلام‌ا... علیهم) علیه رژیم‌های دیکتاتوری، تشکیلاتی را در میان مردم ایجاد کردند که تاریخ معاصر، نظیر آن را به خود ندیده بود.روحانیون و مراجعی همچون ملاعلی کنی، محمد حسن میرزای شیرازی، آیت‌ا... میرزا محمدحسن برازجانی، سید عبدالحسین لاری و امام خمینی با فعال‌کردن تشکیلاتی به نام ولایت فقیه، سازمان فراگیری را پشتوانه مبارزات نهضت قرار دادند که در راس رهبری آن شخصیتی حضور داشت که علاوه بر مقام والای مرجعیت که وظایف و تکالیف خاصی را بر هواداران و مقلدان خود واجب می‌گرداند، دارای محبوبیت عمیق و ژرفی نه فقط در میان توده‌های مسلمان، بلکه در میان آحاد ملت بود. اوامر و دستوراتش، فتوای شرعی به شمار می‌آمد و اجرای آنها برهریک از مقلدان، واجب شرعی محسوب می‌شد و برخلاف دستورات و بخشنامه‌های احزاب و گروه‌ها که از ده‌ها سطح و لایه عبور کرده تا از کادر مرکزی به شاخه‌های مختلف برسد و سپس در میان مردم پخش شود، دستورات علما و مراجع به صورت علنی و مستقیم از طریق سخنرانی یا فتوا یا اعلامیه و به وسیله نوار کاست یا اطلاعیه مکتوب در میان تمامی اقشار مردم توزیع می‌شد. هر آن کس که مسلمان بود و مرجعیت این علما را قبول داشت، یعنی از ایشان تقلید می‌کرد، عضو این تشکیلات ولایت فقیه به شمار می‌آمد و دستورات رهبری برای وی واجبالاطاعه محسوب می‌شد.کادرهای هدایتگر این تشکیلات که رابطه مستمر میان امام و امت را برقرار می‌ساختند، روحانیت مبارز بودند که بنا بر موقعیت اجتماعی و سابقه تاریخی خویش، مورد اعتمادترین و محبوب‌ترین افراد در نزد مردم حتی در دور افتاده‌ترین روستاهای کشور به شمار می‌آمدند. آنها به عنوان منادیان دینی که در اعماق قلوب مردم جای داشتند، هماره از احترام و اعتماد خاصی برخوردار بوده و سخن، گفتار و کردارشان نفوذ فوق‌العاده‌ای میان توده‌های مسلمان از پیر و جوان و زن و مرد داشت. بنابراین حرکت انقلابی این قشر مبارز و تبلیغ آرمان‌های مراجع تقلید بزرگواری چون امام خمینی بسان انوار الهی بردل مردمان می‌نشست. آنها مخفی و ناشناخته نبودند؛ در گوشه زیرزمین‌ها و خانه‌های امن زندگی نمی‌کردند، بلکه در میان مردم و از محروم‌ترین و دردمندترین اقشار بودند. از این جهت بود که حتی بازداشت و دستگیری و تبعیدشان، خشم و اعتراض مردمی را برمی‌انگیخت.
حضرت امام خمینی(ره) در مجلس بزرگداشت شهید حاج آقا مصطفی خمینی به تاریخ ۱۰ آبان ۱۳۵۶ در مسجد شیخ انصاری نجف درباره حضور علما و روحانیون در مبارزات ملت می‌فرمایند:«... اینها نهضت‌ها...این نهضت آخری هم که منتهی شد به ۱۵ خرداد و این‌همه کشته دادند مردم، این هم در صف اولش اهل علم بودند، علما بودند؛ تا حالا هم دنباله‌اش کشیده شده است. تا حالا هم آن‌که بیشتر هیاهو می‌کند، باز اهل علم است. البته دانشگاهی هم حالا داخل است، آنها هم داخلند؛ سایر مردم هم به تبعیت علما می‌رفتند، نه به تبعیت دیگران. علمای تهران را - تقریبا اکثرشان را - گرفتند حبس کردند. از خطبا، از علما، گرفتند حبس کردند. چندین روز حبس بودند. زجر دیدند اینها... .»
نظام تشکیلاتی تشیع
حضرت آیت‌ا... خامنه‌ای در بخشی از سخنرانی خود درباره چگونگی تشکیلات و روابط بین پیروان اهل بیت(علیهم‌السلام) در مسجد جاوید فرمودند:«وجود یک تشکیلات پنهان در سراسر دوران دو قرن و نیمی زندگی ائمه در خدمت و تحت فرمان ائمه تقریبا مسلم است. تشکیلات به معنای جمعیتی از مردم که با هدفی مشترک کارها و وظایف گوناگونی را در رابطه با یک مرکز و یک قلب تپنده و مغز فرمان‌دهنده انجام می‌داده و میان خود نوعی روابط و نیز احساسات نزدیک و خویشاورزانه داشته‌اند ... نخستین سنگ بنای تشکیلات سیاسی شیعه در مجلس دیدار مسیب بن نجبه و سلیمان بن صرد خزاعی با امام حسن(ع) نهاده شد و هدف آن جمع‌آوری نیروهای اصیل و مطمئن شیعی، گستردن تفکر اصیل اسلامی در دایره محدود ولی پرعمق، جذب نیروهای بالقوه و افزودن آنان به جمع شیعیان، انتظار فرصت مناسب و سرانجام قیام و اقدام به موقع که نظام جاهلی بنی‌امیه را منفجر ساخته و دوباره نظام اسلامی و علوی راجایگزین نماید...جمعیت شیعه پس از شهادت امام حسین(ع) همچون یک جمع متشکل و سازمان‌یافته دارای گردآمدهای رهبران و نیروهای رزمنده بود... نام شیعه در فرهنگ تشیع در زمان ائمه بر آن کسی اطلاق نمی‌شد که فقط محبت خاندان پیامبر را در دل داشته باشد یا صرفا به حقانیت آنان و صدق دعوت‌شان معتقد باشد، بلکه به جز اینها شیعه بودن یک شرط اساسی و حتمی داشت و آن، عبارت بود از پیوستگی فکری و عملی با امام و شرکت در فعالیتی که به ابتکار و رهبری امام در جهت باریافتن حق غصب شده و تشکیل نظام علوی و اسلامی در سطوح مختلف فکری و سیاسی و احیانا نظامی انجام می‌گرفت؛ در واقع شیعه نامی بود برای حزب امامت. حزبی که به رهبری امام به فعالیت‌های معینی سرگرم بود و همچون همه حزب‌ها و سازمان‌های معترض در دوران اختناق، با استتار و تقیه می‌زیست. این کلید و عصاره نگاهی دقیق به زندگی ائمه و به ویژه امام صادق(ع) است.»
