از حدود سال 1150 هجری قمری، مکان ویژه ای برای کتابخانه در حرم مطهر در نظر گرفته شد.گرچه در طول سالیان بارها محل کتابخانه تغییر یافته اما همواره در جوار مرقد مطهر و داخل حوزه اماکن متبرکه قرار داشته است. ساخت بنای کنونی نیز که از سال 1360 آغاز شده بود در سال 1373 با مساحت 800 متر مربع زیربنا در ورودی بست شیخ طـوسـی مورد بهره برداری قرار گرفت.