از همین روی با اعزام و نفوذ مستبشرین و مستشرقین و عوامل مختلف کانون‌های یاد شده به دربار صفویه و همچنین زمینه‌چینی استیلای اخباریون بر حوزه‌های علمیه، سیر سکولاریته را در این حوزه‌ها آغاز کردند تا آنجا که دانشمندان و فرهیختگانی همچون ملاصدرا و شیخ بهایی ناچار از ترک این حوزه‌های دینی شدند. سیر نزولی یاد‌شده در دوران افشاریان و زندیه نیز همچنان ادامه یافت. این درحالی بود که آمیختگی علم و هنری که از جهان اسلام به دنیای غرب راه یافته بود با ایدئولوژی جدید غرب (با محوریت اومانیسم، سکولاریسم و لیبرالیسم)، به‌تدریج زندگی و مقولات یاد‌شده را دچار تحولات شگفت‌انگیزی در آن سوی دنیا می‌کرد و تمدنی شکل می‌گرفت که به لحاظ علمی و هنری بر بنیادهای همان تمدن اسلامی استوار بود، ولی ماهیتی مادی و غیر‌الهی داشت. در واقع غرب صلیبی/ صهیونی، پیشرفت‌های علمی و هنری تمدن اسلامی را اخذ کرده، ولی اساس و محور الهی آن را زدوده بودند. از همین روی بود که شکوفایی تمدن در اروپا و غرب با پدیده‌های مذمومی همچون استعمار و برده‌داری و نسل‌کشی و جنگ‌های خانمان‌برانداز مقارن شد. برخلاف تمدن اسلامی که هر کجا پای گذارد، عرصه‌های گسترده‌ای از انسانیت، تعالی و مدنیت را رشد داد.روند جدایی دین از عرصه‌های مختلف زندگی در آن سال‌ها موجب شد حوزه‌های علمیه‌ای که قرن‌ها حاکمیت علمی، فکری و فرهنگی بر دنیا داشتند، در اوایل دوران قاجار به اضمحلال باور نکردنی برسند. تا جایی که هر روحانی از اجتماعیات و مسائل روز سخن می‌گفت با لقب «آخوند سیاسی» سرکوب می‌شد و اساسا روحانی به کسی اطلاق می‌شد که در این‌گونه مسائل دخالتی نمی‌کرد. در اینجا بود که بخش دیگری از کانون‌های صهیونی یعنی سازمان فراماسونری وارد گود شد و با اعزام ماسون‌ها برای برپایی مدارس جدید و جذب نخبگان ایرانی به تشکیلات فراماسونی و آموزش علوم انسانی غربی برپایه سکولاریسم و اومانیسم، تفکر اسلام ناب را به انزوای کامل کشاندند.ازهمین جا وتوسط همین فراماسون‌ها،تفکر«اسلام منهای روحانیت»ارائه شدوقشر روحانی را موجب انحطاط و اضمحلال جامعه، حرکت به سوی ارتجاع و فاصله گرفتن از تجدد و تمدن نمایاندند.حضرت امام خمینی(ره) در سخنرانی مجلس شهادت حاج‌آقا مصطفی خمینی ۱۰آبان۱۳۵۶ در مسجد شیخ انصاری بازار درباره اسلام منهای روحانیت فرمودند:«...آقا، این‌طورنیست که شما خیال بکنید که ما اسلام را می‌خواهیم اما ملا نمی‌خواهیم. مگر می‌شود اسلام بی‌ملا؟ مگر شما می‌توانید بدون ملا کار را انجام بدهید. باز این ملاها هستند که جلو می‌افتند کار انجام می‌دهند. اینها هستند که جان‌شان را [می‌دهند]. الان هم ما تو حبس ملاها داریم، الان هم علما داریم، الان هم علمای فداکار داریم، الان هم هستند توی حبس و زیر بار این ظلم‌ها نمی‌روند. پیش‌شان می‌روند که شما هم یک عذری بخواهید، نمی‌خواهند و ما هم خوب الان هم داریم؛ الان هم علمای ما درحبس هستند،علمای بزرگ ما در حبس هستند. من این‌که عرض کردم یک چیزهایی بود که خود من مشاهده کردم و خیلی‌هایش هم یادم نیست و جلوترش هم که ما دیگر اهل تاریخ نیستیم تا ببینیم. این گله هم، این گله‌ای که من دارم از این آقایان روشنفکرها این است که یک همچو جناح بزرگی که ملت پشت سرش ایستاده، این را از خودتان کنار نزنید، نگویید که ما اسلام را می‌خواهیم ملا نمی‌خواهیم. این خلاف عقل است، این خلاف سیاست است. شما باید اینها را با آغوش باز بگیرید. اگر چنانچه اینها در مسائل سیاسی اطلاعاتی ندارند، ضَمِّ به ایشان بشوید؛ اطلاعات سیاسی به اینها بدهید. اینها بهتر از شما توی مردم[اند]. ــ اینها ــ بهتر ازشماکه نفوذ ندارید، اینها دارند. اینها در بین مردم نفوذ دارند. هر ملایی در محله خودش نافذ است. شما باید، شمایی که دلسوزید برای اسلام، شمایی که می‌گویید ما اسلام را می‌خواهیم، نگویید ما اسلام را می‌خواهیم، آخوند نمی‌خواهیم. شما بگویید اسلام را می‌خواهیم، آخوند هم می‌خواهیم... .»
اولین تئوریسین‌های اسلام منهای روحانیت در ایران
فراماسون‌هایی مانند میرزا فتحعلی آخوندزاده، سیدحسن تقی‌زاده، عبدالرحیم طالبوف، میرزا آقاخان نوری، میرزا ملکم‌خان، میرزا آقاخان کرمانی و... احمد کسروی و... از کسانی بودند که «اسلام منهای روحانیت» را با القای تفکرات مخرب و وارونه‌نمایی تاریخ تئوریزه کردند. آنها که مطمئن بودند، نمی‌توان اسلام را از جامعه ایران حذف کرد کوشیدند که محور پویایی و فعالیت شیعه یعنی روحانیت و مرجعیت و ولایت را از آن حذف کنند.از همین جا گروه‌هایی به وجود آمدند که به‌رغم اسلام‌نمایی، ولی آن را بدون روحانیت و سیاست معرفی می‌کردند. نخستین تفکرات ضد‌ولایت‌فقیه را در مکتوبات دوران مشروطه از جمله در نوشته‌های ابراهیم زنجانی (فراماسون معروف و رئیس دادگاه شیخ فضل‌ا... نوری) می‌توان یافت. یعنی این‌گونه مشخص است که در همان دوران اندیشه ولایت‌فقیه در جامعه بسیار مطرح بوده است.به‌رغم این تلاش وقفه‌ناپذیر ضد‌دینی اما روحانیت و مرجعیت اسلامی همچنان حضور خود را در صحنه‌ها و بزنگاه‌های تاریخ ایران حفظ کرد و کانون‌هایی را که با کنار زدن روحانیت و مسخ اسلام تلاش داشتند تا منابع و ثروت‌های ملی این سرزمین را چپاول کنند، ناامید ساخت.
چه کسانی همیشه در میدان بودند؟
با نگاهی به تاریخ، مشاهده می‌شود که هر زمان سخن از دفاع از عزت و شرافت ملی وحتی آب، خاک و وطن در میان بود، رهبری روحانیت و فتاوی مرجعیت زمان به میدان آمده و به‌دنبال آن اقشار سنتی، مذهبی ومقلدان مراجع و علمای اسلام نیز در میدان حاضر شده‌اند و هرکجا صحبت از خیانت، ذلت، وطن‌فروشی و بیگانه‌پرستی بوده،همه آن کسانی که روحانیت اسلام را موجب عقب‌افتادگی ملت می‌دانستند، حضور داشتند، از نیروهای غیرمذهبی و ضد‌مذهبی گرفته تا اسلام‌گرایان سکولار و شبه‌روشنفکران به اصطلاح دینی و غیر‌دینی.این واقعیت را می‌توان از دفاع در مقابل تجاوز روس در جنگ‌های ایران و روس و مقابله با تجاوز انگلیس در جنگ جهانی اول دریافت و با نگاه دقیق‌تر به تاریخ می‌توان مشاهده کرد که از ایستادگی دربرابر فروش کشور در قراردادهای رویتر و رژی و تا تحریم مشروطه انگلیسی و...همواره این روحانیون اسلام حاضروفعال بودندوبرعکس می‌توان ملاحظه کرد از قراردادهای گلستان و ترکمانچای گرفته تا تجزیه کشور و تا به هدر دادن مبارزات نهضت عدالتخانه و تا تبانی با بارون ژولیوس رویتر یهودی، لرد کرومیو،روچیلدها، برپایی سازمان‌های فراماسونری و...این به اصطلاح شبه‌روشنفکران و سکولارها و مخالفان روحانیت بودند که در جبهه خیانت قرار داشتند.
