در این میان، مزدوران بیگانه و عوامل روس با سوءاستفاده از همان قراردادهای تحمیلی تحت عناوین مختلف مانند وزیرمختار یا نماینده تزار یا مانند آن، به ایران آمده و امتیازات مختلف و گستردهای برای خود طلب میکردند، اراضی مردم را متصرف شده، به جان و مال و ناموس مردم تجاوز میکردند، هرآنچه ظلم و ستم بود بر سر مردم بیگناه آوار میساختند درحالیکه قشون نظامی و انتظامی کشور قدرت و جرات کوچکترین مقاومت و ابراز وجود را در برابرشان نداشتند. ازجمله این افراد الکساندر سرگئویچ گریبایدوف بود که بهعنوان وزیرمختار با هیاتی به ایران آمد. او در مسیر ورودش تا تهران، با مردم ایران به بدرفتاری پرداخت و آنچنان که مولف «ناسخالتواریخ» مینویسد «سخن به غلظت و خشونت همی گفت.» همراهان وی در بین مردم با بادهگساری و میخواری به تحقیر آنان میپرداختند و حتی به بهانه یافتن زنان گرجی، خانههای آنها را مورد تجاوز قرار دادند و بهعنوان اهالی گرجستان، زنان مسلمان را با خود برده و هتک حرمت میکردند.
شکایت مردم به دولت و حکومت، افاقه نکرد و گریبایدوف همچنان به ظلم و ستم خود ادامه میداد تا اینکه اسارت دو زن مسلمان در کنسولگری روسیه در تبریز، خون مردم را به جوش آورده و به مقام افضلالفضلا مجتهد معروف زمان، حاجی میرزا مسیح شکایت بردند و تظلمخواهی کردند. از بیتفاوتی دولت و شاه نالیدند و از ظلم و ستم خارجی و بیگانه شکوه کردند.
حاجی میرزا مسیح به حکم وظیفه مسلمانی در ابتدا دست به هیچ عملی نزد و مراتب امر به معروف را حتی نسبت به بیگانه نیز رعایت کرد. او کسی را نزد گریبایدوف فرستاد و استرداد آن دو زن مسلمان را طلب کرد اما گریبایدوف بهجای پاسخ منطقی و رعایت ادب و نزاکت، به نوشته جهانگیرمیرزا سخنان درشت گفت و به عالم جلیلالقدر اسلام توهین کرد. جهانگیرمیرزا پسر عباسمیرزای نایبالسلطنه در ادامه مینویسد: «...مردم از این بیاعتنایی و غرور پریشان شده، محلات و محالات را خبر کرده و جمیع کسبه و رعایا از زن و مرد، اسلحه پوشیده و اکثر نوکر باب دولتی نیز به جهت اسلام، ترک آمدن ارگ مبارکه را کرده، به دولتسرای مجتهد العصر و الزمانی جمع آمدند...»
خبر بهسرعت درسراسر کشور پیچید و به یک مسأله ملی تبدیل شد. میرزا مسیح به همراه مردم به مسجدجامع رفت و بازاریان نیز به مردم پیوستند. بازهم مرحوم مجتهد مسیح تهرانی خواست که موضوع بامسالمت و مصالحه حل شود ونمایندگانی نزد گریبایدوف فرستاد و از وی مجددا درخواست استرداد زنان مسلمان را کرد. اما گریبایدوف همه نیروهای خود که ۲۰۰ تن میشدند را جمع کرده و به حفاظت از خانه و محل کنسولگری پرداخت. دولت و شاه هم نیرویی برای جلوگیری از قیام مردم فرستاد که ملت به سرزنش آنان پرداختند. میرزامسیح برای بار سوم و اتمام حجت، نزد گریبایدوف نماینده فرستاد که این بار مزدور روسیه، آنها را شهید کرد و سایر افراد او نیز از روی درها و بام به سوی مردم، تیراندازی کرده که موجب شهادت تنی چند از آنها گردید. مردم با اذن میرزا مسیح، از مسجد بیرون آمده و به سوی سفارت و کنسولگری حرکت کردند. شاه برای ممانعت از حرکت مردم، ظلالسلطان و جمعی از دولتیان را فرستاد که توسط مردم به سنگ و چوب گرفته شدند. مردم عصبانی از در و دیوار وارد خانه گریبایدوف شدند و او و ۳۷تن از افرادش را به قتل رساندند و خانه را نیز ویران کردند. خود نیز بنا بر برخی آمار از یک تا ۸۰ تن تلفات دادند. شاه برای دلجویی از امپراتوری روسیه، یکی از سران حمله به کنسولگری روسیه را اعدام کرد، جنازهها را با احترام به کلیسا برد و بازمانده سفارت را مورد نوازش قرار داد و حاجی میرزا مسیح تهرانی را تبعید کرد.
تبعید میرزا مسیح میرفت که شورشی دیگر ایجاد کند که با تدبیر مرحوم کلباسی، سرانجام میرزا مسیح مجتهد، شبانه و به دور از چشم مردم به عتبات عالیات سفر کرد.
ثقه الاسلام در برابر اولتیماتوم روس
دیگر روحانی مبارز که در مقابل هجوم بیگانه به خاک میهن ایستادگی کرد و در این راه به شهادت رسید. میرزا محمدعلی تبریزی معروف به«ثقهالاسلام» بود. ثقهالاسلام در ایران و عتبات عالیات، فقه، اصول، حکمت، کلام، تاریخ، جغرافیا، نجوم، ادب، علم رجال و کتابشناسی آموخته بود. او به فارسی، عربی، ترکی و فرانسه تسلط داشت و در علم تاریخ، کلام و مثنویشناسی صاحبنظر بود. وی را در فن سخنوری توانمند دانستهاند. او به فلسفه و عرفان نیز علاقه داشت. مطالعه روزنامهها و جراید مهم عربی در تجدد و روشنفکری او تأثیر بسزایی داشت و اطلاعاتش درباره نظامهای جدید اجتماعی، مجالس وعظ و خطابه او را جایگاه هدایت افکار مردم ساخت. ثقهالاسلام از آغاز جنبش عدالتخواهی و سپس مشروطهطلبی، در زمره حامیان جدی آن قرار داشت. وی هنگام مهاجرت علما به قم و تحصن آنها در آنجا، با ارسال تلگرامهایی به علما و مظفرالدینشاه، ضمن حمایت از خواستهای مهاجران، خواستار بازگرداندن آنها به تهران شد. پس از پیروزی نهضت مشروطه، به هنگام رأیگیری برای انتخاب نمایندگان مجلس شورای ملی، وی بیشترین رأی را در میان علما به دست آورد، لیکن نمایندگی را نپذیرفت.پس از ورود روسها به شهر، ثقهالاسلام به مناسبت عید نوروز ۱۲۹۰/ ربیعالاول ۱۳۲۹ در روزنامه محلی تبریز مقالهای نوشت و از مردم خواست به سبب وجود قشون بیگانه، از اجرای مراسم سنتی نوروز خودداری کنند. در نتیجه، اکثر اهالی تبریز آن سال عید نگرفتند. برخی درج این مقاله را یکی از عوامل مؤثر در اعدام او به دست روسها دانستهاند. ثقهالاسلام با مشاهده تجاوز روسها خواستار مقابله مجاهدان شد و حتی کتبا به امیرحشمت نیساری، رئیس شهربانی تبریز، اجازه دفاع داد. این امر موجب شد که تبریز یکباره بسیج شود و با روسها سخت درگیر گردد. درسال۱۳۲۹ ماجرای داستان اولتیماتوم روسیه به ایران در مورد مورگان شوستر آمریکایی، مستشار مالی پیش آمد که خواهان اخراج او از ایران بودند.
این اولتیماتوم منجر به تعطیلی مجلس دوم و اخراج شوستر شد. در این اوقات کفالت حکومت بر عهده ضیاءالدوله بود و تبریز در محاصره شجاعالدوله و درشهر آذوقه نبود. مجاهدان مسلح و سالداتهای روس در شهر فراوان و به دنبال بهانه برای درگیری روسها خواهان خلعسلاح مجاهدان بودند و به همین منظور به ضیاءالدوله فشار میآوردند تا این دستور را صادر کند اما ضیاءالدوله چندان تمایلی بر این امر نداشت. درگیری بین این قوا در شهر آغاز شد امیرحشمت نیساری که ریاست نظمیه را برعهده داشت از ثقهالاسلام چارهجویی کرد و ثقهالاسلام که همیشه به دنبال راهی برای گفتوگو بود این دخالت مستقیم قوای اجنبی را تاب نیاورد و خطاب به امیرحشمت گفت: «علیکم بالدفاع یعنی برشما باد دفاع کردن.»