با وجود مزایای اقتصادی، فعالیت‌های معدنی تهدیدهایی جدی برای محیط زیست، کوه‌ها، جنگل‌هاوحیات وحش به‌همراه دارد. گزارش‌ها نشان می‌دهد اکتشافات معدنی معمولا منجر‌به تخریب زمین، ازبین‌رفتن پوشش گیاهی وآلودگی منابع آب می‌شود. فعالیت‌های معدنی باعث ازبین‌رفتن زیستگاه‌های طبیعی حیوانات و گیاهان می‌شود.این امرمی‌تواند منجر‌به کاهش تنوع زیستی شود و گونه‌های خاصی را در معرض خطر انقراض قراردهد.استفاده ازمواد شیمیایی درفرآیند استخراج،آلودگی خاک و آب‌های سطحی و زیرزمینی را به‌همراه دارد که گریزی از آن نیست.این آلودگی‌ها نه‌فقط بر اکوسیستم تأثیر می‌گذارد، بلکه سلامت انسان‌ها و جانوران را نیز به‌خطر می‌اندازد. دربسیاری ازمناطق مشاهده شده نسل برخی گونه‌های جانوری منقرض یا به‌خاطر مهاجرت گروهی از آنها،به‌شدت از تعدادشان کاسته شده است. گاهی اوقات برای اکتشاف معادن،حتما باید کوه‌هاوجنگل‌ها به‌طور کامل نابود شود. این تخریب می‌تواند عواقب جبران‌ناپذیری برای اکوسیستم‌ها و تغییرات آب‌و‌هوایی به‌همراه داشته باشد که در بعضی از استان‌های ایران قابل مشاهده است. با توجه به آسیب‌ها و خطرات یادشده، ضروری است که هنگام برنامه‌ریزی و اجرای اکتشافات معدنی، پیوست‌های زیست‌محیطی به‌عنوان بخشی جدایی‌ناپذیردرنظر گرفته شود. این پیوست‌ها باید شامل تحلیل اثرات زیست‌محیطی، انجام تحلیل‌های دقیق در مورد اثرات فعالیت‌های معدنی برمحیط زیست و بررسی اثرات انتشار گرد‌و‌غبار ناشی از اکتشافات بر زندگی گیاهان، پرندگان، دیگرجانوران و حیوانات باشد که قبل از آغاز هرگونه عملیات معدنی انجام شود.
