مرگ آقا محمدخان قاجار در سفر جنگی اول که به منطقه قفقاز داشت شرایط را برای ایران بدتر کرد، موسس قاجاریه عزم و اراده دفاع از مرزها را داشت ، اما خلف او فتحعلی شاه قاجار فاقد این عزم بود. حمله روسها به سرزمین های ایران در قفقاز باعث شد که جنگهای دوره اول به نفع طرف متجاوز تمام شود و براساس عهدنامه تحمیلی گلستان بخشهایی از کشور در اختیار روسها قرار بگیرد.
شوک ناشی از عدم توان مقابله و شکست در جبهه نظامی اذهان را متوجه جستجوی علل ضعف و شکست نمود. عده ای راه نجات ایران را اصلاح ساختار سیاسی و یافتن راه حل های بومی برای عبور از بحران می دانستند و برخی نیز راه تقلید از غرب و پیوستگی با دول غربی را پیشنهاد می کردند. دسته دوم از کنار این واقعیت که دول اروپایی هر یک در پی دستیابی به مطامع خود در منطقه حضور یافته عبور کرده و چشم بسته ، تقلید از آنان را توصیه می کردند. رفتار دول اروپایی اعم از فرانسه و انگلستان در خلال جنگهای ایران و روسیه نشان داد که غرب جدید بجز منافع استعماری خود که تحت عنوان منافع ملی به آن مشروعیت می بخشیدند به هیچ اصل دیگری قائل نیست.
طرفداران تز توسعه درون زا و ملی نظیر قائم مقام فراهانی در جنگهای دوره دوم با اتکائ به منابع داخلی قدرت نظیر قدرت دینی سعی کردند بر دشمن غلبه کنند که در ابتدای امر نیز موفق شدند. اما نفوذ گسترده عوامل غرب و ضعفها و عیوب فاحش حکومت ، این ابتکار ملی را عقیم گذاشت.
شکست در جنگهای دوره دوم که منجر به تحمیل قرارداد ننگین ترکمانچای بر ایران شد ضربه مهلکی به استقلال ایران اسلامی وارد نمود. ضعف دولت مرکزی و نفوذ عوامل روس و انگلیس در ارکان اجرایی کشور زمینه را برای طرفداران تز وابستگی به غرب هموار نمود و غیر از دوره کوتاه مدت صدارت امیرکبیر اداره کشور به دست آنان سپرده شد. عقد قراردادهای ننگینی نظیر عهدنامه رویتر که منابع ایران را به مدت هفتاد سال در اختیار اسرائیل یوسفات یهودی معروف به رویتر قرار می داد و نیز قرارداد بانک شاهنشاهی و تنباکو چوب حراجی بود که توسط جریان غربگرا به دارایی و استقلال ملت ایران زده می شد و به کمترین قیمتی به بیگانگان واگذار می شد. در چنین شرایطی طرفداران تز توسعه ملی و بومی چاره ای جز مقاومت و قیام نداشتند شکل گیری قیام مردم تهران به رهبری حاج ملاعلی کنی علیه قرارداد رویتر و عاقدان آن میرزا حسین خان سپهسالار و میرزا ملکم خان ارمنی. اعتراض به تاسیس بانک شاهنشاهی ، تحریم کالاهای خارجی و نهایتا قیام علیه امتیاز تنباکو عکس العملی بود که حمایت گسترده مردمی را به همراه داشت و دربار فاسد قاجار و استعمارگران را به عقب راند. نهضت تنباکو به ملت نشان داد که می توان در مقابل مستبدین و استعمارگران ایستاد و به موفقیت هم رسید. همین امر زمینه ای شد که 15 سال بعد نهضتی بزرگ تر به نام نهضت مشروطیت در ایران شکل بگیرد.
جنبش تنباکو زمینه ، نهضت عدالتخانه
حرکت توفنده ملت مسلمان در جریان نهضتهای ضد استعماری دربار و منورالفکران غربگرا را که هیچ وقت موفق نشدند حرکتی مردمی را سازماندهی و رهبری کنند به حاشیه انزوا راند و آنان برای مقابله با این جریان ملی و ضداستعماری به فکر ایجاد تشکلهای مخفی و زیرزمینی سیاسی افتادند. منورالفکران غربگرا هرچند از امکانات دربار قاجار جهت اهداف شخصی و گروهی خود فراوان بهره مند می شدند اما در مجموع دولت قاجار را مانع تحقق اهداف خود می دانستند. جریان اول نیز که به فکر رشد و توسعه بومی در ایران بودند نیز دربار قاجار را فاقد انگیزه و کارایی لازم برای حل مشکلات ایران می دانستند لذا بحثهای گسترده ای در حوزه های نجف در میان علما و مصلحین در ایران برای اصلاح امور صورت گرفت.
تلاش علما برای عزل علی اصغرخان امین السلطان عامل برخی قراردادها و قرضه های خارجی ، حرکتی بود برای اصلاح دستگاه دولتی. همچنین مخالفت علما با برخی از حکام ولایات و دفاع آنان از منافع مردم مظلوم را در همین راستا می توان ارزیابی کرد. با اوج گیری اختلافات بین مردم و دولت و برخورد خشن دولتیان با مردم ، علمای تهران و نجف ضمن اعتراض به حرکات استبدادی حکومتگران ، شاه قاجار را به رعایت عدالت و حقوق مردم دعوت کردند اما تحریک دولتمردان مستبد و برخی عوامل خارج از حکومت مانع از پذیرش نصیحت علما شد و نهایتا منجر به مهاجرت کبرای علما به شهر قم و صدور دستخط تاسیس مجلس شورا توسط مظفرالدین شاه گردید، که سرآغاز فصلی نوین در تاریخ ایران با عنوان «مشروطیت» بود.