در این میان، وضعیت ایران با چالش‌هایی مواجه شده که بر رتبه علمی کشور اثر منفی گذاشته است.
سه عامل اصلی روند نزولی جایگاه علمی کشور شامل افت شاخص‌های انسانی، ضعف ساختارهای پژوهشی و کاهش توان مالی است. درخصوص شاخص انسانی باید گفت در سال‌های اخیر نیروی انسانی پژوهشگر دچار کاهش انگیزه و اشتیاق شده و این مسأله در نبود چشم‌انداز روشن برای فعالیت علمی و نبود حمایت‌های کافی، تشدید شده است. علاوه بر آن، در گذشته بسیاری از پروژه‌های علمی در دانشگاه‌ها اجرا می‌شدند اما اکنون بخشی از آنها به نهادهای غیردانشگاهی منتقل شده‌اند و دیگر به‌عنوان خروجی دانش‌بنیان تلقی نمی‌شوند. این موضوع به تضعیف نقش دانشگاه‌ها در تولید علم انجامیده. در بحث مالی نیز باید گفت با افت ارزش پول ملی و افزایش نرخ ارز، بسیاری از فعالیت‌های تحقیقاتی به یک‌چهارم یا یک‌پنجم کاهش یافته است.
در گذشته، خرید تجهیزات و ارتباطات بین‌المللی آسان‌تر بود اما اکنون این روند با دشواری مواجه شده است. علاوه بر آن، اگرچه ایران از نظر تعداد مقاله در جایگاه مناسبی قرار دارد اما درصدسازی در شاخص‌ها و ضعف در سیاستگذاری کاربردی باعث شده برخی کشورها با جمعیت کمتر، عملکرد بهتری داشته باشند. برای بهبود شرایط، نیاز به اصلاح ساختارها، تقویت انگیزه‌ها، رفع مشکلات مالی بخش پژوهش و الزام دولت به اجرای پروژه‌ها در دانشگاه‌ها داریم. با انجام این اقدامات، می‌توان به شرایط مطلوب گذشته بازگشت و جایگاه علمی کشور را ارتقا بخشید.
