یکی از مهمترین کارها در زمینه ثبت تنوع میکربی موجود، ارزیابی دقیق گونه ای و بررسی تغییرپذیری موجودات حاضر در هر محیط ویژه است.
برآوردها نشان می دهد که کمتر از یک دهم درصد از میکروارگانیزم های دریایی را می توان از طریق روشهای استاندارد کشت بافت بازیافت کرد.
حال آن که در بیوتکنولوژی می توان ژنهای نشانگر را با استفاده از ابزارهای ملکولی از جمعیت های میکربی جدا سازی کرده و از آنها برای شناسایی بهره برد.
پاکسازی زیستی با استفاده از میکرب ها اسید زیادی را برای حل مسائل مرتبط با آلودگی محیطهای دریایی و آبزی پروری به وجود آورده است.
از جمله این آلودگی ها وجود لکه های نفتی در بندرها و خطوط کشتیرانی و سکوهای نفتی است. تاکنون تعداد زیادی از میکروارگانیزم های دریایی شناسایی شده اند که می توانند در پاکسازی زیستی مورد استفاده قرار گیرند.
میکروارگانیزم های دریای علاوه بر این مورد، اغلب مواد مفیدی را تولید می کنند که با محیط زیست سازگار هستند. پلیمرهای زیستی و غیرسمی که در مدیریت و تصفیه زباله ها و فاضلاب ها از آنها استفاده می شود، نمونه هایی از این مدار هستند.
از این میکرب ها در حذف تعفن ناشی از فاضلاب ها نیز استفاده می شود. شناخت بیشتر از بر هم کنش میکرب های دریایی با فلزات سنگین می تواند به افزایش استفاده از آنها در جذب زیستی ، رسوب دهی زیستی ، کریستاله سازی زیستی و حل مسائل و مشکلات آبهای آلوده منجر شود.