اسماعیل صفوی، بنیانگذار سلسله صفویه، نهتنها در سیاست داخلی، بلکه در مناسبات بینالمللی نیز مذهب اهل بیت(ع) را اصل قرار داده بود. او از علمای ایرانی و نیز روحانیون و مراجع دینی لبنانی، عراقی و بحرینی دعوت کرد تا فقه اهل بیت(ع) و مذهب جعفری را تدوین کرده تا مورد استناد امور حکومتی قرار گیرد. «محقق کرکی» ازجمله این علما بود که در نشر فقه و اصول مذهب اهل بیت(ع) شخصیت مهمی به شمارمیآید. قراردادن نام مبارک ۱۲ امام معصوم به عنوان سجع مهر شاهی، تعمیر و توسعه آرامگاه امامان در شهرهای عراق و مشهد و ایجاد ساختمان مقبره امامزادهها در شهرهای مختلف ایران و... از دیگر اقدامات شاهاسماعیل در ابراز ارادت به ائمه معصوم (ع) بود. پس از شاهاسماعیل، پسرش شاهطهماسب، از بزرگترین مراجع اسلام «محقق ثانی» دعوت کرد تا به ایران بیاید و مسئولیت امور دینی را برعهده بگیرد. جملهای که مورخین از قول شاهطهماسب نقل کردهاند، نشانگر عمق معرفت دینی او به جایگاه خود و ولایت فقهاست.
او در حکمی به محقق ثانی نوشته: «تو به پادشاهی سزاوارتری. چون تو نایب امامزمانی. من فقط کارگزار او هستم و به اوامر و نواهی تو قیام میکنم.»
شاهطهماسب با صدور حکمی عام، همه احکام شیخالاسلام محقق ثانی را واجبالاطاعه اعلام کرد و در حکم دیگری برای محقق کرکی، وی را بهعنوان نایبالامام توصیف نمود. شاهطهماسب در سرتاسر ایران، فقها و عالمان دینی را به عنوان شیخالاسلام، صدر، قاضی، قاضی عسکر و نقیب دعوت به همکاری کرد تا به امور حسبه و قضاوت و سرپرستی اوقاف، نظارت بر امور شرعیه و تربیت طلاب دینی اقدام نمایند.
دوره دوم حضور و بروز علما و روحانیت اسلام در حکومت شاهعباس صفوی بود که عالمانی مانند شیخبهایی و علامه محمدتقی و محمدباقرمجلسی توانستند با استفاده از فضایی که حاکمیت بهوجود آورده بود، اصول و تفکرات اسلامی و مکتب اهل بیت(ع) و سبک زندگی دینی را در جامعه بسط داده و به انحای مختلف آن را به اقشار مختلف جامعه آموزش دهند. در واقع در عصر صفوی، روحانیت وارد متن زندگی سیاسی-اجتماعی مردم شد و به جایگاهی والا در امور اجتماعی نائل آمد. اما برخی به گونهای غیرمنصفانه و ناعادلانه، حضور روحانیون و علما در دولت و حکومت صفویه را نوعی سازش با سلاطین و شاهان دانسته و آن را موجب تخفیف شأن روحانیت و عالمان دین دانستند. در این باره حضرت امام خمینی(ره) در سخنرانی مبسوطی که در ۱۰آبان۵۶ به مناسبت شهادت فرزند گرانقدرشان، حاج آقا مصطفی خمینی ایراد کردند، به موضوع حضور روحانیون و علما در دربار صفویه اشاره کرده و آن را این گونه توضیح دادند:
«... این تاریخ صدساله، صد و چند ساله اخیر... میبینیم که یک طایفه از علما، اینها گذشت کردهاند از یک مقاماتی و متصل شدهاند به یک سلاطینی. با این که میدیدند که مردم مخالفند لکن برای ترویج دیانت و ترویج تشیع اسلامی و ترویج مذهب حق، اینها متصل شدهاند به یک سلاطینی و این سلاطین را وادار کردهاند ـ خواهینخواهی ـ برای ترویج مذهب، مذهب دیانت، مذهب تشیع. اینها آخوند درباری نبودند. این اشتباهی است که بعضی نویسندگان ما میکنند. سلاطین اطرافیان آقایان بودند. الان هم حجره شاه سلطانحسین در چهارباغ اصفهان، در مدرسه چهارباغ اصفهان، الان هم حجرهاش هست. اینها او را کشاندنش تو[ی] حجره، نه این که او اینها را کشیده است دنبال خودش. اینها اغراض سیاسی داشتند، اغراض دینی داشتند. نباید یککسی تا به گوشش خورد که مثلاا مجلسی(رضوانا...علیه)، محقق ثانی(رضوانا...علیه)، نمیدانم شیخبهایی(رضوانا...علیه)، با اینها روابط داشتند و میرفتند سراغ اینها همراهیشان میکردند، خیال کنند که اینها مانده بودند برای جاه و (عرض میکنم) عزت و احتیاج داشتند به این که شاه سلطانحسین و شاهعباس به آنها عنایتی بکنند!
این حرفها نبوده در کار. آنها گذشت کردند؛ یک گذشت، یک مجاهده نفسانی کردهاند برای این که این مذهب را به وسیله آنها، به دست آنها [ترویج کنند]. در یک محیطی که اجازه میگرفتند که شش ماه دیگر اجازه بدهید ما حضرت امیر را سبّ بکنیم، وقتی جلوگیری از سبّ حضرت امیر میخواستند بکنند. اینها در یک همچو محیطی که سبّ حضرت امیر این طوریها بوده و رایج بوده و از مذهب تشیع هیچ خبری نبود و هیچ اسمی نبوده، اینها رفتهاند مجاهده کردهاند؛ خودشان را پیش مردم ... این دسته از علمایی که جانفشانی کردند و خودشان را جوری کردند که حالا شما به آنها اشکال میکنید از باب این که اطلاع بر واقعه ندارید؛ نه سوءقصد دارید، نه سوءنیت دارید، اطلاع از واقعیات ندارید. من هم اگر چنانچه میتوانستم یک سلطان جائری را به راه بیاورم، میرفتم درباری میشدم. شما هم تکلیفتان این بود که اگر بتوانید یک سلطان جائری را آدمش کنید، بروید درباری بشوید. این درباریشدن نیست. این آدمسازی است. نه این است که اینها درباری شدند، اینها میخواهند آدم بسازند. من گله دارم....»
از فقیهان و علمای این دوره میتوان به این افراد اشاره داشت: علیبنحسینبنعبدالعالی کرکی معروف به «محقق ثانی» و «محقق کرکی» که در لبنان متولد شد و برای تحصیلات مقدماتی به مصر رفت و سپس نجف را برای فراگرفتن علم و دانش برگزید تا در حوزه علمیه نجف در محضر علمای بزرگ به تکمیل علوم بپردازد.
او در دوران شاه اسماعیل اول به ایران آمد و در زمان شاهطهماسب با احکامی که برایش صادر کرد با دست باز به اصلاح امور دینی پرداخت. او با ارسال بخشنامههایی به سرتاسر کشور، قوانین عادلانه را برای کارگزاران وضع نمود که چگونه با مردم در گرفتن مالیات و مقدار و زمانش رفتار کنند و در هر شهر و روستا، امامی را برای نماز جماعت و تعلیم احکام معین نمود.
تاثیر محقق ثانی در ایران تا آنجا بود که در تواریخ و کتب مختلف نوشته شد که بعد از خواجه نصیرالدین طوسی، هیچ کس به اندازه محقق کرکی در اعتلای مذهب و ترویج مکتب اهل بیت(ع) موثر نبوده است.
او درحد امکان و توانش، قوانین اجتماعی و قضایی اسلام را به اجرا درآورد و مهمتر از همه، در تربیت عالمان و فقها بسیار کوشید به گونهای که وقتی به زندگی علمای قرن دهم مراجعه کنیم، اکثر آنها را از شاگردان این عالم بزرگ مییابیم.
محقق ثانی کتابهای متعددی نوشت اما مهمترین و بزرگترین کتاب فقهی او «جامعالمقاصد» است که شرحی بر «قواعد» علامه ذکر شده. محقق ثانی در اواخر عمر به نجف اشرف بازگشت و به نوشته شیخ عبدالصمد حارثی، پدر شیخبهایی به دست برخی کارگزاران حکومت مسموم شد و به شهادت رسید.