جلوگیری از وقوع موج دوم کرونا با بررسی توالی ژنوم ویروس

دانشمندان در کشورهای نیوزیلند، ایالات‌متحده، انگلستان و برخی دیگر از کشورها با ردیابی عفونت‌های جدید محدودیت‌های خانه‌نشینی را کاهش دادند و برای جلوگیری از وقوع موج دوم کرونا توالی ژنوم کروناویروس را بررسی می‌کنند.

کد خبر: ۱۲۶۷۶۹۸

به گزارش جام جم آنلاین به نقل از ایسنا، از زمانی که توالی کامل ژنوم کروناویروس جدید عامل بیماری کووید-19 در 11 ژانویه اشتراک‌گذاری آنلاین شد، دانشمندان از 32 هزار ژنوم ویروسی در سراسر جهان استفاده کردند تا منشاء شیوع کووید-19 در کشور خود را شناسایی و انتقال آن را بررسی کنند.

در حال حاضر، کشورهایی که کروناویروس را با موفقیت سرکوب کردند، وارد مرحله دوم همه‌گیری یعنی ردیابی و کنترل بیماری شدند. نتایج تحقیقات نشان می‌دهد با استفاده از ردیابی بیماران شیوع این بیماری کاهش می‌یابد.

گیتیس دوداس، مشاور بیوانفورماتیک و مشاور مرکز جهانی تنوع زیستی گوتنبرگ در سوئد اظهار کرد: "ژنومیک خیلی سریع به شما می‌گوید که با چه مواردی سروکار دارید و راهنمای شما خواهد بود."
به دلیل موفقیت بیشتر در کنترل شیوع بیماری جدید از طریق بررسی توالی ژنوم برخی از محققان در کشورهای مختلف، تحقیقات خود را در این مورد متمرکز کردند؛ محققان نیوزیلند و یک ایالت در استرالیا هدف خود را بررسی ترتیب توالی ژنوم کروناویروس در کشور و ایالت خود قراردادند.

با افزایش همه‌گیری در سرتاسر جهان، به‌تدریج ویروس‌ها در مناطق مختلف شکل می‌گیرند. محققان می‌توانند با مقایسه توالی آنها به‌سرعت خطوط انتقال ممکن را ردیابی و یا دو دنباله‌ای که باهم مطابقت ندارند و یا پیوند آنها با یکدیگر بررسی کنند.

هرچند محققان در ایالات‌متحده، انگلستان و دیگر کشورها بررسی توالی ژنوم ویروسی را در دستور کار خود قراردادند اما به دلیل آمار بالای ابتلا به کووید-19 از این روش برای کمک به شناسایی بیماران و ردیابی آنها استفاده می‌شود. اما چنین مداخلات به نمونه‌گیری گسترده بستگی دارد و در مکان‌هایی که آزمایش تشخیصی محدود است، در اطلاعات ژنومی نیز شکاف‌هایی وجود خواهد داشت.

شناسایی سریع

محققان در استرالیا قبل از شناسایی اولین مورد تایید شده انتقال‌دهنده این بیماری از ووهان چین، در آزمایشگاه‌های ملبورن آماده تحقیق در مورد ژنوم کروناویروس جدید شدند.

محقق این تحقیق، تورسن سیمن، زیست‌شناس آزمایشگاه بهداشت عمومی واحد میکروبیولوژیکی مستقر در انستیتوی پیتر دوهرتی ملبورن می‌گوید: ما توالی‌های ژنوم ویروسی زیادی شناسایی کردیم.
این گروه تقریبا 1700 مورد شناسایی کرده که بزرگترین ترتیب ژنومی جهان در شیوع بیماری‌های عفونی را پوشش می‌دهد.

اطلاعات مربوط به‌توالی ویروسی کمک کرده که منبع واقعی قرار گرفتن در معرض بیماری ویروسی کارکنان بهداشتی شناسایی شود که کارکنان بهداشتی از حضور در محیط اجتماعی به آن مبتلا شدند و نه از بیماران در بیمارستان.

سیمن خاطر نشان کرد: "بدون ژنومیک شما هرگز نمی‌توانید بگویید که منبع آلودگی چه بوده است."
این گروه در حال آماده‌سازی و استفاده از اطلاعات ژنوم برای شناسایی منابع احتمالی موارد جدید است.
وی در ادامه افزود: با کمک این اطلاعات مقامات بهداشت عمومی خیلی سریع‌تر از گذشته در مورد سیاست‌های کنترل بیماری تصمیم‌گیری خواهند کرد.

بازگشایی مرزها

با آغاز سفرهای منطقه‌ای، اطلاعات ژنومی از اهمیت ویژه‌ای برخوردار می‌شوند و با کمک آنها می‌توان دریافت که عفونت از خارج از ایالت انتقال‌یافته و یا عفونت داخلی است.

دانشمندان در نیوزیلند تاکنون 25 درصد از موارد گزارش‌شده توسط 1154 کشور را گزارش کردند. جویپ دی لیگت، سرپرست زیست سنجی موسسه علوم و تحقیقات زیست‌محیطی نیوزیلند گفت:"هدف آنان کشف بیش از 70 درصد موارد برای ارائه تصویری کامل از ژنوم ویروسی در این کشور است. محققان با هر توالی اضافه‌شده، به‌احتمال‌زیاد می‌توانند مکان موردنظر بعدی را مشخص کنند.

وی اظهار کرد: اما در حال حاضر اطلاعات توالی در واکنش به شیوع بیماری مفید هستند. این گروه اطلاعات ژنومی را با ردیابی سنتی یافتند و روشی برای از بین بردن دو خوشه که تصور می‌کردند یکی هستند را ارائه کردند.

در انگلستان، با موارد بسیار بیشتر ائتلاف ژنومیک کووید-19 روبرو هستیم که شامل مراکز تحقیقاتی و آزمایشگاه‌های دانشگاهی است که در ماه مارس تشکیل شدند.

نیک لومان، زیست‌شناس دانشگاه بیرمنگام و یکی از اعضاء این ائتلاف تحقیقاتی می‌گوید: تاکنون 20هزار ژنوم ویروسی تعیین‌شده که تقریبا 10درصد موارد تایید شده را در انگلستان نشان می‌دهد. گروه وی یکی از گروه‌هایی بود که در شیوع ابولا پیشگام ابزارهای سریع نظارت ژنومی شد که اکنون در همه‌گیری کووید-19 مورداستفاده قرار می‌گیرد.

لومان تاکید کرد: این گروه هدفی مانند نیوزیلند تعیین نکرده است و علت آن را تا حدودی تعداد زیاد ابتلا از تاریخ 27 ماه مه بیان کرد. اما این گروه تلاش می‌کند تا نمونه‌ای از توالی ویروس در سراسر انگلستان ایجاد کند تا تحقیقات اپیدمیولوژیکی را پشتیبانی کند.

خطاهای تحقیق

دی لیگت گفت: استفاده از ژنومیک به‌عنوان بخشی از واکنش به شیوع بیماری محدودیت‌هایی دارد.
وی افزود: افرادی که عفونت بدون علامت را تجربه می‌کنند بعید است که آزمایش شوند و این موارد خطر واقعی در خطاهاست.

لومان می‌گوید: نظارت ژنومی نیز به آزمایش‌های گسترده تشخیصی متکی است تا در وهله اول ترتیب توالی‌ها را به دست آورد. انگلستان با مواردی طاقت‌فرسا روبرو بوده و در انجام آزمایش‌های تشخیصی آهسته‌تر عمل کرده است.

او می‌گوید: "همیشه این احتمال وجود دارد که شما نمونه‌ای از نمونه‌ها را ندیده باشید."
لومان تاکید کرد: پایش ژنومی جهانی با آغاز سفرهای بین‌المللی، اهمیت بیشتری خواهد یافت.

میرو شیل، اپیدمیولوژیک دانشگاه ملی استرالیا اظهار کرد: استفاده از تجزیه‌وتحلیل ژنومی برای کمک به ردیابی بیماران، تا حد زیادی برای کشورهای پردرآمد محدودشده است. او مایل است ژنومیک را به‌عنوان ابزاری برای پاسخ به شیوع در کشورهای با محدودیت منابع در منطقه آسیا و اقیانوس آرام در نظر بگیرد، همان‌طور که در جمهوری دموکراتیک کنگو، سیرالئون و گینه در زمان شیوع ابولا انجام شد.