مشهور است که مرحوم آخوند در نظر داشته برای اصلاح مشروطیت به ایران بیاید ولی ایشان را در آستانه حرکت ، مسموم کرده اند؛ حجت الاسلام و المسلمین حاج میرزا عبدالرضا کفایی ، (نواده مرحوم آخوند خراسانی) فوت آخوند را مشکوک شمرده و از مرحوم شیخ محمد رشتی ، فرزند مرحوم شیخ عبد الحسین رشتی (از شاگردان و خواص مرحوم آخوند) نقل می کند که می گفت: وقتی دولت ایران احساس کرد که آخوند با عزم جزم (بظاهر برای دفاع از ثغور ایران در برابر تجاوز روسها، ولی در باطن برای جلوگیری از فساد اعمال دولتمردان و بازگرداندن حکومت مشروطه به نظام مذهبی) راهی ایران است ، به وسیله ایادی مرموز، آخوند را مسموم کردند. در تایید این امر نیز واقعه زیر را از قول پدرش نقل می کرد که قرار بود صبح سه شنبه 20 ذی حجه 1329 آقای آخوند با اصحابشان به مسجد سهله کوفه رفته ، شب چهارشنبه در آنجا بیتوته و توسل به حضرت ولی عصر(عج) پیدا کنند.
سپس روز چهارشنبه به کاظمین بروند و علمای عراق هم از کربلا و سامرا در آنجا به ایشان ملحق شوند و همگروه به سمت ایران حرکت کنند. می گفت: شب سه شنبه آخوند آخرین درسش را در مسجد طوسی به پایان رساند و عازم منزل شد. من پشت سر ایشان حرکت می کردم. بین راه پیرزنی جلو آمده سلام کرد و گفت: آقا، مریضی داریم ، خواهش می کنم بر این جام آب ، دعایی بخوانید تا به مریض بدهیم شفا یابد. آخوند جام آب را گرفته دعایی بر آن خواندند و به زن دادند. وی مجددا گفت: لطفا برای تائثیر بیشتر، کمی از آبش نیز صرف بفرمایید و مرحوم آخوند جرعه ای از آن را نوشید و جام را به زن برگرداند. این مشاهدات مرحوم شیخ عبدالحسین رشتی در شب تصمیم آخوند به حرکت بود. آنگاه در بین الطلوعین همان شب مرحوم آخوند بعد از ادای فریضه صبح در حالی که مشغول به اذکار تعقیب بعد از نماز صبح بود احساس درد شدیدی در دل کرده ، و با اینکه اواخر پاییز و نزدیک زمستان بوده عرق شدیدی در بدن ایشان می نشیند که منجر به مرگشان می شود (فوت آخوند شب 20آذر سال 1290ش رخ داده است).