از نجف تا تهران

هنوز چندسالی ازآغاز نهضت اسلا‌می نگذشته بود که وی در این عرصه به صورت جدی و فعال ظاهر و کمی‌ بعد به عنوان یکی از افراد معتمد در بین یاران امام مطرح می‌‌شود. با تبعید امام به خارج کشور، همکاری روحانیون بخصوص شاگردان ایشان ابعاد گسترده‌تری پیدا کرد. برخی از آنان در مقاطع مختلف سعی کردند که با اقداماتی مشترک و گروهی و در قالب انتشار اعلامیه‌های مختلف، مواضع صریح خود را پیرامون حوادث و وقایع مربوط به انقلاب و مرتبط با نهضت مردمی‌ اعلام دارند. در بسیاری از این اعلامیه‌ها نام وی به عنوان یکی از امضاکنندگان به چشم می‌‌خورد. از جمله، ارسال پیام برای امام به مناسبت سالگرد 15 خرداد در تاریخ 10/3/45، برگزاری مراسم بزرگداشت ‌آیت‌الله مصطفی خمینی، اعلام حمایت از اقدام انقلابی مردم قم در اعتراض به انتشار مقاله توهین‌آمیز روزنامه اطلاعات، اعلامیه طلاب در تقدیر از مردم تبریز به خاطر برگزاری چهلم شهدای قم، اعلام تسلیت به مناسبت حادثه سینما رکس آبادان، حمایت از اعتصاب کارکنان صنعت نفت و وزارت نیرو و....

وی در جریان مبارزه، ارتباط قوی‌تری با بیت امام و سایر مبارزان برقرار و سعی کرد با گروه‌های دیگر این همکاری را وسعت بخشد. خوئینی‌ها بعد از گذشت 2 سال از تبعید امام، در سال 45 مخفیانه از مرز خارج و رهسپار نجف اشرف شد و طی مدت اقامت یک ساله خود در عراق علاوه بر بهره‌گیری علمی‌ از محضر درس امام موفق به کسب مسوولیت وکالت ایشان در امر <حسبیات و ایصال دو ثلث> شد. اقامت او در نجف گرچه کوتاه بود؛ اما انگیزه‌اش را برای حضور فعال‌تر در عرصه سیاسی دوچندان کرد. وی به مجرد بازگشت از عراق، دامنه فعالیت‌های ضدرژیم خود را گسترش داد. او اگرچه در ابتدا از منبر گریزان بود و به قدر ممکن از وعظ و تبلیغ و خطابه پرهیز می‌‌کرد؛ اما دریافت که در چنین شرایطی، مسجد و منبر سهم بالایی در ترغیب و تهییج مردم برای پیشبرد مبارزه دارد، به همین خاطر فعالیت خود را بر برخی از مساجد تهران متمرکز ساخت؛ از جمله در مسجد قائمیه پل سیمان که جلسات بحث و تفسیر داشت و گزارش‌هایی از فعالیت وی در این مسجد و همکاری‌اش با هاشمی‌ رفسنجانی در پرونده‌های ساواک موجود است. همچنین مدتی در مسجد جوستان برنامه تبلیغی داشت. این مسجد در کنار مساجدی مثل الهادی و قبا و... به عنوان مرکز عمده مبارزه در تهران تلقی می‌‌شد. موضوعاتی که سیدمحمد خوئینی‌ها در قالب وعظ و تبلیغ در این دوره ابراز می‌‌کرد، بیشتر حول محور مسائل سیاسی بود. او توسط ساواک دستگیر شد و در طول دوران بازجویی، وی با دادن نشانی‌های غلط، تقریبا هیچ سرنخی به ماموران امنیتی ساواک نداد و در پاسخ به سوالات مکرر بازجویان پیرامون شخصیت‌های انقلابی نظیر هاشمی‌ رفسنجانی، مطهری، بهشتی و... با بیان مسائلی کلی، پاسخهای مبهمی‌ را ارائه داد. او به‌رغم اطلاعات فراوانی که در مورد افراد مختلف داشت، هیچ مطلب دردسرسازی نگفت. با این وصف براساس رای هیات دادرسان دادگاه شماره یک تهران به یک سال حبس جنایی درجه یک محکوم شد. وی مدتی در زندان ماند؛ اما به واسطه فشارهایی که از سوی سازمان‌های بین‌المللی و برخی ازگروه‌های سیاسی رژیم وارد شده بود، نهایتا به دستور شاه به همراه 343 نفری که به اتهام اقدام علیه امنیت کشور زندانی شده بودند، آزاد شد.

بعد از شکل‌گیری دولت موقت، برخی از دانشجویان انقلابی که افکار دولتمردان کابینه مهندس بازرگان را نمی‌پذیرفتند، فعالیت‌های سیاسی را آغاز و برای نزدیکی بیشتر با افکار امام‌، با برخی از نزدیکان رهبر انقلاب از جمله موسوی خوئینی‌ها ارتباط خوبی برقرار کردند. در جریان تصرف لانه جاسوسی، دانشجویان با نظارت مستقیم او به این اقدام دست زدند و پیگیری مسائل بعد از گروگانگیری نیز با نظر او صورت می‌گرفت. در گیرودار مساله گروگانگیری، حوادث مهم دیگری نیز رخ داد که خوئینی‌ها در آن نقش‌آفرین بود. اولین رویداد، جریان انتخابات اولین دوره ریاست جمهوری بود که یکصد نفر از اقشار مردم از کارگر و قاضی و نظامی‌ گرفته تا عناصر ساواکی و وابسته به رژیم شاهنشاهی همه مشتاق رقابت در آن بودند. موسوی خوئینی‌ها با توجه به مسوولیتش در رادیو و تلویزیون مسوولیت دیگری هم داشت و آن هم ریاست بر کمیته نظارت بر تبلیغات ریاست جمهوری بود.در حقیقت این کمیته نقش شورای نگهبان امروز در تائید و رد صلا‌حیت نامزد ها را ایفا می کرد.

پس از انتخاب بنی‌صدر، نگرانی‌ها وقتی مضاعف شد که دیدند بنی‌صدر با راه‌اندازی نهادی موسوم به دفتر هماهنگی‌های رئیس‌جمهوری، قصد تسخیر مجلس را دارد. در انتخابات نخستین دوره مجلس، کدورتی که بین جامعه روحانیت مبارز و حزب جمهوری در آستانه انتخابات ریاست جمهوری به وجود آمد، مرتفع شد. نیروهای سیاسی مجددا صف‌آرایی کردند؛ اما این بار مسیر وقایع چندان به مراد دل بنی‌صدر نرفت و شرکت‌کنندگان در انتخابات، رقبای او را برای ورود به مجلس برگزیدند. در میان لیست پیشنهادی حزب جمهوری اسلامی‌ و دفتر تحکیم وحدت نام موسوی خوئینی‌ها به چشم می‌خورد که در روز 14 فروردین 1359 جزو 18 نفری بود که حائز اکثریت مطلق آرا شده بودند.