متاسفانه در حال حاضر و در صنعت کشاورزی ایران مسائل و مشکلات متعددی وجود دارد که بخشی از آنها در زمینهای زراعی و از کاشت تا برداشت به چشم میخورد و بخش دیگر هم از زمان برداشت تا رسیدن به دست مصرف کننده. حوزه صنایع تبدیلی و تکمیلی بخش کشاورزی، یکی از مهمترین بخشهایی است که میتواند ارزش افزوده خوبی برای محصولات داشته باشد. با این حال متناسب نبودن ظرفیت صنایع تبدیلی و تکمیلی کشاورزی موجود با میزان تولید محصولات کشاورزی در بسیاری از نقاط کشور، فعالان این عرصه، کشاورزان و باغداران را با چالشهای زیادی مواجه کرده است. همچنین تاکنون هیچ اقدام اساسی برای برندسازی محصولات کشاورزی با هدف حضور مؤثر در بازار داخلی و جهانی صورت نگرفته است. در حوزه بستهبندی و افزایش ظرفیت نگهداری محصولات نیز ضعف شدید وجود دارد.
از دیگر معضلات، تامین نشدن تسهیلات بانکی برای توسعه صنایع وابسته به بخش کشاورزی است و همچنین در رابطه با صدور مجوزها و چگونگی اداره و توسعه صنایع تبدیلی بخش کشاورزی، تداخل وظایف بین وزارتخانههای کشاورزی و وزارت صنعت، معدن و تجارت وجود دارد.درعینحال بالا بودن ضایعات کشاورزی در زنجیره تولید، بهویژه در مرحله پس از برداشت، فرسودگی کارخانهها و ماشینآلات فرآوری بدون استفاده از فناوری روز دنیا، وجود تعداد زیاد طرحهای نیمهتمام در حوزه صنایع تبدیلی بخش کشاورزی و بالاخره تامین نشدن سرمایه در گردش موردنیاز برای واحدهای صنایع موجود ازجمله دیگر مشکلات این بخش است.
ازجمله چالشهای حوزه زراعت و باغبانی، میتوان به ضعف برنامهریزی برای کنترل و مهار خشکسالی از طریق اجرای طرحهای کاهش مصرف آب و افزایش بهرهوری و استفاده از بذور و درختان با نیاز آبی پایین و ارقام زودرس، ناتوانی در تدوین و اجرای برنامه الگوی کشت در استانها اشاره کرد. در بخش تحقیقات، آموزش و ترویج نیز باگذشت بیش از ۵۰ سال از عمر سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی و کثرت تعداد اعضای هیاتمدیره این سازمان که بیشتر از وزارت علوم و تحقیقات هستند، هنوز نتوانستهاند بهصورت کاربردی و بومی به نیاز کشاورزان، دامداران و دیگر زیرمجموعههای این حوزه ازجمله افزایش تولید، مقاومت به آفات و بیماریها، تنوع تولید، کاهش مصرف نهادهها، کاهش هزینهها و افزایش بهرهوری، سازگاری با محیط و... پاسخ داده و نسخهای مناسب برای بخشهای مختلف و اقلیمهای متفاوت ارائه دهند و صرفا به کپیبرداری از دانش و تجربیات خارجی اکتفا شده و درواقع این بخش ناکارآمد و رها شده است.
اگر میخواهیم صنعت کشاورزی متحول شود، باید به مباحث اصلی توجه کرد و نداشتن برنامه و دغدغه برای حفظ خودکفایی و خوداتکایی در تولید محصولات استراتژیک، عدم تامین بهموقع و بهاندازه نیاز نهادههای موردنیاز ازجمله کود، بذر، سم و افزایش بیرویه قیمت نهادهها و نداشتن نظارت کافی بر عملیات آمادهسازی، کاشت، داشت و برداشت در طول فصل زراعی بهعنوان ضرباتی بر پیکر این صنعت به شمار میآیند که در آیندهای نزدیک آن را از پای در میآورند.