در پی حضور محسن نایبی مدیرعامل شرکت بهرهبرداری مترو تهرا ن در برنامه خندوانه و پاسخ به سوالات آموزشی مجری برنامه، برخی از سایتها در مطالبی مدعی شدند که قرارداد میلیاردی بین این برنامه تلویزیونی و شرکت مترو منعقد شده است که معاون فرهنگی و اجتماعی شرکت بهره برداری مترو تهران توضیحاتی را در این مورد ارائه کرد.