در این میان ایران در طول 28سال گذشته همواره با پاکستان دارای دیپلماسی مثبت توام با حفظ و حساسیت به منافع ملی بوده و این کشور را دروازه سیاسی ، امنیتی و اقتصادی شرق می دانسته است.
با این حال جمهوری اسلامی ایران بر این نکته اشراف داشته که پاکستان کشوری دارای حوزه ها و گروههای فشار غیررسمی و خارج از کنترل دولت است که از شبکه های غیررسمی و مخفی قدرتمند برخوردارند و نقش عمده ای در دامن زدن به درگیری های قومی و مذهبی ، قشری گری و افراطگرایی مذهبی ، قاچاق مواد مخدر و تروریسم دارند.
همین مساله خود باعث ایجاد سوئظن ها و سوئتفاهم هایی در روابط بین دو کشور شده است.
ظهور پدیده ریگی و گروه جندالله و قرار گرفتن خواسته یا ناخواسته دولت پاکستان به عنوان حاشیه امنیت تروریست های مذهبی و قاچاقچیان مواد مخدر در شرق کشور، باعث افزایش این سوئظن ها شده است.
انرژی هسته ای نیز اگرچه از دغدغه های مشترک دو کشور است ، اما نقطه افتراق ایران و پاکستان نیز محسوب می شود.
ایران امضاکننده معاهده ان.پی.تی است و فعالیت های هسته ای صلح آمیز دارد، اما پاکستان افزون بر آن که وارد این معاهده نشده است ، بلکه در رقابت هسته ای با هند به آزمایش بمب اتمی دست زد و سایه جنگ هسته ای را بر فراز منطقه گستراند.
پرویز مشرف البته در موضعگیری های اخیر خود در اروپا خواستار حل و فصل پرونده هسته ای ایران از طریق مذاکره شده ، با حمله و تهدید امریکا علیه ایران مخالفت کرده است.
نکته دیگر خط لوله انتقال گاز ایران به هند است که از پاکستان می گذرد.
نیاز به انرژی و ارزش اقتصادی آن از جاذبه های این خط لوله برای پاکستان است.البته بحران های مقطعی در روابط هند و پاکستان از عواملی است که بر روند پیشرفت این پروژه تاثیرگذار است. ایران و پاکستان البته درباره قیمت گاز انتقالی نیز با یکدیگر اختلاف دارند و همین موضوع ، از دستور کارهای مشرف در مذاکره با مقامات ایرانی بود.
به هر حال آنچه هدف سلسله سفرهای پرویز مشرف به کشورهای منطقه اعلام شده ، اتخاذ راهکارهایی برای حل مساله فلسطین و لبنان است و باید دید آیا مشرف درخصوص ارائه و اجرای این راهکارها جدی است یا بیش از همه می خواهد این مناقشات را فرصتی برای برجسته کردن نقش خود و فرار از برخی اتهامات قرار دهد.